"Порочный" круг при обновлении (помогите разорвать)

Теперь остались только два пакета

sys-auth/consolekit
sys-auth/pam_ldap

Переустановил эти пакеты
sys-auth/consolekit
sys-auth/pam_ldap
далее cl-update и предлагает удалить ранее установленные 60 пакетов, которые по идее не нужны. В основном это виртуальные и пакеты для разработки. Удалил. Вроде нормально. Перезагрузка. Снова cl-update и опять предлагается установить те 60 пакетов, которые были удалены.
Похоже на замкнутый круг.
Приплыл, срочно нужен хороший лоцман.

Еще один вариант глюка.
Прилетела обнова еще на один РС. Здесь уже нет завязки на virtual/pam, однако установилось 11 пакетов, для удаления предлагается 14. Причем в списке для удаления присутвуют только что установленные пакеты.

* Список пакетов для установки  
 app-emulation/faudio-20.02 
 app-emulation/wine-gecko-2.47.1 
 app-emulation/wine-mono-5.0.0 
 app-emulation/wine-staging-5.9 
 dev-cpp/glibmm-2.64.2 
 gnome-extra/nm-applet-1.8.24-r1 
 net-fs/samba-4.11.8 
 sys-libs/ldb-2.0.10 
 sys-libs/libunwind-1.2.1-r3 
 x11-misc/lightdm-1.30.0 
 x11-misc/lightdm-gtk-greeter-2.0.7-r1 
====================
 Список пакетов для удаления
dev-util/cmake-3.14.6 ...                                              
dev-util/glib-utils-2.58.3 ...                                         
   *app-emulation/wine-staging-5.9 ...*                                     
dev-libs/iniparser-3.1-r1 ...                                          
dev-lang/vala-0.44.11 ...                                              
dev-util/intltool-0.51.0-r2 ...                                        
sys-devel/autoconf-archive-2018.03.13 ...                              
   ***app-emulation/wine-gecko-2.47.1 ..**.*                                    
app-crypt/rhash-1.3.6-r1 ...                                           
dev-libs/libuv-1.28.0 ...                                              
*app-emulation/wine-mono-5.0.0 ...*
*app-emulation/faudio-20.02 ...*
*sys-libs/libunwind-1.2.1-r3 ...*
dev-libs/vala-common-0.44.11 ...

Сразу возник вопрос, каким образом были установлены дополнительные пакеты?
Использовалась ли опция -1 (–oneshot) к emerge?

Если речь о начальном посте, то нет.
В предыдущем посте вообще ничего, кроме cl-update не делалось.

Напрашивается вариант прямой установки тех пакетов, которые гуляют туда-сюда, т.е. ставятся и тут же удаляются. Это по идее занесет их в world и они не будут удаляться.
Похоже что-то поломалось в проверке зависимостей перед удалением пакетов.

Покопался весьма поверхностно в calculate-utils Бросилось в глаза, что после версии
calculate-utils-3.6.7.33 в update.py добавилась опция --dynamic-deps=n перед сканированием пакетов на предмет удаления.
Проделал експеримент. Поправил update.py убрав опцию --dynamic-deps=n
После чего удалил один пакет, к примеру consolekit, и запустил cl-update.
Как и положено установился consolekit и предложило удалить всего одну библиотеку, которая не числится в зависимостях.
Никакого предложения удаления кучи пакетов не последовало.

Проверил еще на одной машине. Замена в update.py
emerge = EmergeParser(EmergeCommand(["–depclean",
“–dynamic-deps=n”],
emerge_default_opts=deo))
на
emerge = EmergeParser(EmergeCommand(["–depclean"],
emerge_default_opts=deo))
приводит к нормальному ходу обновления.
Без этой замены предлагается удалить около сотни пакетов.
Ждем починки утилит ?!

1 Like

Аналогично, но при сборке из исходников:

Вы хотите удалить неиспользуемые пакеты (рекомендуется)? (Yes/No): y
* Удаление (1 из 70) dev-ruby/racc-1.4.14 ...                                                                                  [ ok ]
* Удаление (2 из 70) x11-base/xcb-proto-1.14-r1 ...                                                                            [ ok ]
* Удаление (3 из 70) dev-libs/iniparser-3.1-r1 ...                                                                             [ ok ]
* Удаление (4 из 70) app-arch/cabextract-1.9-r2 ...                                                                            [ ok ]
* Удаление (5 из 70) sys-devel/autoconf-archive-2018.03.13 ...                                                                 [ ok ]
* Удаление (6 из 70) dev-java/javatoolkit-0.3.0-r9 ...                                                                         [ ok ]
* Удаление (7 из 70) app-text/docbook-xml-dtd-4.3-r2 ...                                                                       [ ok ]
* Удаление (8 из 70) app-emulation/spice-protocol-0.14.1 ...                                                                   [ ok ]
* Удаление (9 из 70) dev-libs/appstream-glib-0.7.16 ...                                                                        [ ok ]
* Удаление (10 из 70) net-wireless/b43-fwcutter-019 ...                                                                        [ ok ]
* Удаление (11 из 70) dev-util/kbuild-0.1.9998.3149 ...                                                                        [ ok ]
* Удаление (12 из 70) dev-util/netsurf-buildsystem-1.8-r1 ...                                                                  [ ok ]
* Удаление (13 из 70) dev-libs/check-0.14.0-r2 ...                                                                             [ ok ]
* Удаление (14 из 70) dev-perl/File-ShareDir-Install-0.110.0 ...                                                               [ ok ]
* Удаление (15 из 70) dev-python/sip-4.19.21 ...                                                                               [ ok ]
* Удаление (16 из 70) dev-perl/Module-Build-Tiny-0.39.0 ...                                                                    [ ok ]
* Удаление (17 из 70) sys-devel/automake-1.13.4-r2 ...                                                                         [ ok ]
* Удаление (18 из 70) x11-apps/bdftopcf-1.1 ...                                                                                [ ok ]
* Удаление (19 из 70) app-text/gnome-doc-utils-0.20.10-r2 ...                                                                  [ ok ]
* Удаление (20 из 70) media-libs/glew-2.1.0-r1 ...                                                                             [ ok ]
* Удаление (21 из 70) app-text/asciidoc-8.6.10_p20181016-r1 ...                                                                [ ok ]
* Удаление (22 из 70) dev-ruby/kpeg-1.1.0-r1 ...                                                                               [ ok ]
* Удаление (23 из 70) sys-devel/autogen-5.18.16-r1 ...                                                                         [ ok ]
* Удаление (24 из 70) app-text/po4a-0.47-r1 ...                                                                                [ ok ]
* Удаление (25 из 70) dev-go/go-md2man-1.0.3 ...                                                                               [ ok ]
* Удаление (26 из 70) dev-util/ragel-6.10 ...                                                                                  [ ok ]
* Удаление (27 из 70) dev-python/docutils-0.16 ...                                                                             [ ok ]
* Удаление (28 из 70) dev-python/cython-0.29.15 ...                                                                            [ ok ]
* Удаление (29 из 70) dev-lang/go-bootstrap-1.13.6 ...                                                                         [ ok ]
* Удаление (30 из 70) dev-python/vcversioner-2.16.0.0 ...                                                                      [ ok ]
* Удаление (31 из 70) sys-devel/bin86-0.16.21 ...                                                                              [ ok ]
* Удаление (32 из 70) sys-apps/iucode_tool-2.3.1 ...                                                                           [ ok ]
* Удаление (33 из 70) sys-power/iasl-20200326 ...                                                                              [ ok ]
* Удаление (34 из 70) dev-python/setuptools_scm-3.5.0 ...                                                                      [ ok ]
* Удаление (35 из 70) media-fonts/font-util-1.3.2-r1 ...                                                                       [ ok ]
* Удаление (36 из 70) virtual/ruby-ssl-11 ...                                                                                  [ ok ]
* Удаление (37 из 70) dev-libs/libmspack-0.9.1_alpha-r1 ...                                                                    [ ok ]
* Удаление (38 из 70) app-text/docbook-xml-dtd-4.4-r3 ...                                                                      [ ok ]
* Удаление (39 из 70) dev-perl/TermReadKey-2.370.0 ...                                                                         [ ok ]
* Удаление (40 из 70) dev-perl/ExtUtils-Helpers-0.26.0 ...                                                                     [ ok ]
* Удаление (41 из 70) dev-perl/ExtUtils-InstallPaths-0.11.0 ...                                                                [ ok ]
* Удаление (42 из 70) sys-apps/help2man-1.47.10 ...                                                                            [ ok ]
* Удаление (43 из 70) dev-perl/SGMLSpm-1.1-r1 ...                                                                              [ ok ]
* Удаление (44 из 70) app-text/scrollkeeper-dtd-1.0-r1 ...                                                                     [ ok ]
* Удаление (45 из 70) virtual/awk-1 ...                                                                                        [ ok ]
* Удаление (46 из 70) dev-perl/Text-WrapI18N-0.60.0-r1 ...                                                                     [ ok ]
* Удаление (47 из 70) dev-scheme/guile-2.2.4 ...                                                                               [ ok ]
* Удаление (48 из 70) app-text/openjade-1.3.2-r9 ...                                                                           [ ok ]
* Удаление (49 из 70) dev-go/blackfriday-1.2_p20150720 ...                                                                     [ ok ]
* Удаление (50 из 70) app-text/opensp-1.5.2-r3 ...                                                                             [ ok ]
* Удаление (51 из 70) dev-perl/Text-CharWidth-0.40.0-r1 ...                                                                    [ ok ]
* Удаление (52 из 70) dev-go/sanitized-anchor-name-0_pre20151027 ...                                                           [ ok ]
* Удаление (53 из 70) dev-perl/Module-Build-0.422.400 ...                                                                      [ ok ]
* Удаление (54 из 70) dev-perl/ExtUtils-Config-0.8.0 ...                                                                       [ ok ]
* Удаление (55 из 70) dev-perl/Locale-gettext-1.70.0 ...                                                                       [ ok ]
* Удаление (56 из 70) virtual/perl-Module-Metadata-1.0.36 ...                                                                  [ ok ]
* Удаление (57 из 70) virtual/perl-ExtUtils-Manifest-1.720.0 ...                                                               [ ok ]
* Удаление (58 из 70) virtual/perl-Perl-OSType-1.10.0-r3 ...                                                                   [ ok ]
* Удаление (59 из 70) virtual/perl-ExtUtils-ParseXS-3.400.0 ...                                                                [ ok ]
* Удаление (60 из 70) virtual/perl-podlators-4.110.0 ...                                                                       [ ok ]
* Удаление (61 из 70) virtual/perl-Text-ParseWords-3.300.0-r6 ...                                                              [ ok ]
* Удаление (62 из 70) virtual/perl-CPAN-Meta-2.150.10-r3 ...                                                                   [ ok ]
* Удаление (63 из 70) virtual/perl-ExtUtils-CBuilder-0.280.231 ...                                                             [ ok ]
* Удаление (64 из 70) virtual/perl-ExtUtils-Install-2.140.0-r2 ...                                                             [ ok ]
* Удаление (65 из 70) virtual/perl-Getopt-Long-2.500.0-r2 ...                                                                  [ ok ]
* Удаление (66 из 70) virtual/perl-ExtUtils-MakeMaker-7.340.0-r2 ...                                                           [ ok ]
* Удаление (67 из 70) virtual/perl-JSON-PP-4.20.0 ...                                                                          [ ok ]
* Удаление (68 из 70) virtual/perl-Parse-CPAN-Meta-2.150.10-r3 ...                                                             [ ok ]
* Удаление (69 из 70) virtual/perl-CPAN-Meta-YAML-0.18.0-r5 ...                                                                [ ok ]
* Удаление (70 из 70) dev-lang/go-1.14.2 ... [ ok ]

emerge --newuse --update --deep --with-bdeps=y @world
Calculating dependencies... done!
[ebuild  N     ] sys-devel/autoconf-archive-2018.03.13 
[ebuild  N     ] app-emulation/spice-protocol-0.14.1 
[ebuild  N     ] dev-lang/go-bootstrap-1.13.6  USE="(-big-endian)" 
[ebuild  N     ] sys-apps/iucode_tool-2.3.1 
[ebuild  N     ] net-wireless/b43-fwcutter-019 
[ebuild  N     ] dev-util/netsurf-buildsystem-1.8-r1 
[ebuild  N     ] sys-devel/bin86-0.16.21 
[ebuild  N     ] dev-lang/go-1.14.2 
[ebuild  N     ] dev-go/sanitized-anchor-name-0_pre20151027 
[ebuild  N     ] dev-go/blackfriday-1.2_p20150720 
[ebuild  N     ] dev-go/go-md2man-1.0.3 
[ebuild  N     ] sys-power/iasl-20200326  USE="-test" 
[ebuild  N     ] virtual/awk-1 
[ebuild  N     ] virtual/perl-ExtUtils-MakeMaker-7.340.0-r2 
[ebuild  N     ] virtual/perl-Getopt-Long-2.500.0-r2 
[ebuild  N     ] virtual/perl-Text-ParseWords-3.300.0-r6 
[ebuild  N     ] virtual/perl-ExtUtils-CBuilder-0.280.231 
[ebuild  N     ] virtual/perl-ExtUtils-Install-2.140.0-r2 
[ebuild  N     ] virtual/perl-ExtUtils-ParseXS-3.400.0 
[ebuild  N     ] virtual/perl-JSON-PP-4.20.0 
[ebuild  N     ] virtual/perl-podlators-4.110.0 
[ebuild  N     ] virtual/perl-CPAN-Meta-YAML-0.18.0-r5 
[ebuild  N     ] virtual/perl-Parse-CPAN-Meta-2.150.10-r3 
[ebuild  N     ] dev-perl/Text-CharWidth-0.40.0-r1 
[ebuild  N     ] virtual/perl-ExtUtils-Manifest-1.720.0 
[ebuild  N     ] virtual/perl-Module-Metadata-1.0.36 
[ebuild  N     ] virtual/perl-Perl-OSType-1.10.0-r3 
[ebuild  N     ] dev-perl/ExtUtils-Config-0.8.0  USE="-test" 
[ebuild  N     ] virtual/perl-CPAN-Meta-2.150.10-r3 
[ebuild  N     ] dev-perl/File-ShareDir-Install-0.110.0  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-perl/ExtUtils-Helpers-0.26.0  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-perl/TermReadKey-2.370.0  USE="-examples" 
[ebuild  N     ] dev-perl/Text-WrapI18N-0.60.0-r1 
[ebuild  N     ] dev-perl/Module-Build-0.422.400  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-perl/ExtUtils-InstallPaths-0.11.0  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-perl/Module-Build-Tiny-0.39.0  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-perl/SGMLSpm-1.1-r1 
[ebuild  N     ] dev-libs/libmspack-0.9.1_alpha-r1  USE="-debug -doc -static-libs" ABI_X86="(64) -32 (-x32)" 
[ebuild  N     ] dev-util/ragel-6.10  USE="-vim-syntax" 
[ebuild  N     ] x11-base/xcb-proto-1.14-r1  ABI_X86="32 (64) (-x32)" PYTHON_TARGETS="python3_6 python3_7 (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] media-fonts/font-util-1.3.2-r1 
[ebuild  N     ] app-text/scrollkeeper-dtd-1.0-r1 
[ebuild  N     ] dev-python/sip-4.19.21  USE="-doc" PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] dev-python/cython-0.29.15  USE="-doc -emacs -test" PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-pypy3) (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] dev-java/javatoolkit-0.3.0-r9  PYTHON_TARGETS="python2_7" 
[ebuild  N     ] x11-apps/bdftopcf-1.1 
[ebuild  N     ] app-arch/cabextract-1.9-r2  USE="-extras" 
[ebuild  N     ] dev-python/vcversioner-2.16.0.0  USE="-test" PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-pypy3)" 
[ebuild  N     ] dev-python/setuptools_scm-3.5.0  USE="-test" PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-pypy3) (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] dev-perl/Locale-gettext-1.70.0 
[ebuild  N     ] dev-scheme/guile-2.2.4  USE="deprecated networking nls regex threads -debug -debug-malloc" 
[ebuild  N     ] app-text/opensp-1.5.2-r3  USE="nls -doc -static-libs -test" 
[ebuild  N     ] media-libs/glew-2.1.0-r1  USE="-doc -static-libs" ABI_X86="(64) -32 (-x32)" 
[ebuild  N     ] dev-python/docutils-0.16  PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-pypy3) (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] dev-util/kbuild-0.1.9998.3149 
[ebuild  N     ] sys-apps/help2man-1.47.10  USE="nls" 
[ebuild  NS    ] app-text/docbook-xml-dtd-4.3-r2 [4.1.2-r7, 4.2-r3, 4.5-r2]
[ebuild  NS    ] app-text/docbook-xml-dtd-4.4-r3 [4.1.2-r7, 4.2-r3, 4.5-r2]
[ebuild  N     ] sys-devel/autogen-5.18.16-r1  USE="libopts -static-libs" 
[ebuild  N     ] app-text/openjade-1.3.2-r9 
[ebuild  N     ] app-text/asciidoc-8.6.10_p20181016-r1  USE="-examples -graphviz -highlight -test" PYTHON_SINGLE_TARGET="python3_7 (-pypy3) -python3_6" 
[ebuild  NS    ] sys-devel/automake-1.13.4-r2 [1.16.1-r1]
[ebuild  N     ] app-text/gnome-doc-utils-0.20.10-r2  PYTHON_TARGETS="python3_6 python3_7 (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] app-text/po4a-0.47-r1  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-libs/check-0.14.0-r2  USE="-doc -subunit -test" ABI_X86="(64) -32 (-x32)" 
[ebuild  N     ] virtual/ruby-ssl-11  RUBY_TARGETS="ruby24 ruby25 (-ruby26) (-ruby27)" 
[ebuild  N     ] dev-ruby/kpeg-1.1.0-r1  USE="-doc -test" RUBY_TARGETS="ruby24 ruby25 (-ruby26) (-ruby27)" 
[ebuild  N     ] dev-ruby/racc-1.4.14  USE="-doc -test" RUBY_TARGETS="ruby24 ruby25 (-ruby26)" 
[ebuild  N     ] dev-libs/appstream-glib-0.7.16  USE="introspection -fonts -gtk-doc -stemmer" 

WARNING: One or more updates/rebuilds have been skipped due to a dependency conflict:

dev-python/pygments:0

(dev-python/pygments-2.6.1:0/0::gentoo, ebuild scheduled for merge) USE="-doc -test" ABI_X86="(64)" PYTHON_TARGETS="python3_6 python3_7 (-pypy3) (-python3_8)" conflicts with
dev-python/pygments[python_targets_python2_7(-),python_targets_python3_6(-),python_targets_python3_7(-),-python_single_target_pypy3(-),-python_single_target_python2_7(-),-python_single_target_python3_6(-),-python_single_target_python3_7(-),-python_single_target_python3_8(-)] required by (dev-python/docutils-0.16:0/0::gentoo, ebuild scheduled for merge) USE="" ABI_X86="(64)" PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-pypy3) (-python3_8)"

emerge --depclean

* Always study the list of packages to be cleaned for any obvious
* mistakes. Packages that are part of the world set will always
* be kept.  They can be manually added to this set with
* `emerge --noreplace <atom>`.  Packages that are listed in
* package.provided (see portage(5)) will be removed by
* depclean, even if they are part of the world set.
* 
* As a safety measure, depclean will not remove any packages
* unless *all* required dependencies have been resolved.  As a
* consequence of this, it often becomes necessary to run 
* `emerge --update --newuse --deep @world` prior to depclean.

Calculating dependencies... done!
>>> Calculating removal order...

dev-lang/go-bootstrap
selected: 1.13.6 
protected: none 
omitted: none 

All selected packages: =dev-lang/go-bootstrap-1.13.6

И по кругу…

Сегодня обновились calculate-utils до версии 3.6.7.36
Что интересно, на одной машине с xfce обновление прошло успешно, на другой с mate по завершению предложило удалить 99 пакетов.

Это нормально. Мы доработали механизм чистки неиспользуемых пакетов, вот они и удаляются. Раньше из-за таких пакетов периодически возникали блокировки при обновлении.

Да, но удаляются нужные пакеты, которые при следующем обновлении снова ставятся.

А зачем вы обновляете систему с --with-bdeps=y? Удаляются пакеты, которые являются сборочными зависимостями бинарных пакетов. Если использовать автоматический режим bdeps, то сборочные зависимсоти будут вытянуты только для компилируемых пакетов.

В том то и дело, что использую штатный cl-update , без всяких параметров.

Что выводит?
cl-core-variables-show --filter cl_update_with_bdeps

На проблемной машине
update.cl_update_with_bdeps_opt_set| wb | | on |
update.cl_update_with_bdeps_set | wb | system | on |
На той, где хорошо, тоже.
Проверил на 4-х машинах. Только на одной - auto, на остальных - on
Сам я ничего не менял.

Попробовал на проблемной машине установить эти переменныей в auto - не помогло,
cl-update снова зовет удалить сотню пакетов.
И только правка update.py с дефолтной опцией “–dynamic-deps=y” дает cl-update завершиться без удаления кучи пакетов.
Может это и неправильное решение, но тем не менее.

После сегоднешного обновления все само выравнелось.

У кого как. Я снова увидел предложение на удаление кучи нужных пакетов.
На одной машине немного, но тенденция та же

     * Список удаляемых пакетов  
 * FAudio - Accuracy-focused XAudio reimplementation for open platforms app-emulation/faudio-20.02
 * Free implementation of Windows(tm) on Unix, with Wine-Staging patchset app-emulation/wine-staging-5.9
 * Удобный переносимый API для определения цепочки вызовов программы sys-libs/libunwind-1.2.1-r3

Вы хотите удалить неиспользуемые пакеты (рекомендуется)? (Yes/No): y
все удалилось
Снова запускаю

cl-update
Синхронизация репозиториев
.....
 * Вычисление зависимостей ...
 * Список пакетов для установки  
 * FAudio - Accuracy-focused XAudio reimplementation for open platforms (N) app-emulation/faudio-20.02 (0 KiB)
 * Free implementation of Windows(tm) on Unix, with Wine-Staging patchset (N) app-emulation/wine-staging-5.9 (0 KiB)
 * Удобный переносимый API для определения цепочки вызовов программы (N) sys-libs/libunwind-1.2.1-r3 (0 KiB)
 * 3 пакетов будет установлено, 0 KiB будет загружено
Вы хотите установить эти пакеты? (Yes/No): y
 * (1 из 3) Удобный переносимый API для определения цепочки вызовов программы
 * Сборка sys-libs/libunwind-1.2.1-r3 ...                                                     [ ok ]
 * (2 из 3) FAudio - Accuracy-focused XAudio reimplementation for open platforms
 * Сборка app-emulation/faudio-20.02 ...                                                      [ ok ]
 * Установка sys-libs/libunwind-1.2.1-r3 ...                                                  [ ok ]
 * Установка app-emulation/faudio-20.02 ...                                                   [ ok ]
 * (3 из 3) Free implementation of Windows(tm) on Unix, with Wine-Staging patchset
 * Сборка app-emulation/wine-staging-5.9 ...                                                  [ ok ]
 * Установка app-emulation/wine-staging-5.9 ...                                               [ ok ]
Очистка системы от ненужных пакетов
 * Вычисление зависимостей ...
 * Список удаляемых пакетов  
 * FAudio - Accuracy-focused XAudio reimplementation for open platforms app-emulation/faudio-20.02
 * Free implementation of Windows(tm) on Unix, with Wine-Staging patchset app-emulation/wine-staging-5.9
 * Удобный переносимый API для определения цепочки вызовов программы sys-libs/libunwind-1.2.1-r3

Вы хотите удалить неиспользуемые пакеты (рекомендуется)? (Yes/No):
и опять замкнутый круг.

На другой машине таких пакетов больше сотни.

Наверно еще рано. Видимо работа во всю кипит.

Вот сейчас прошло обновление.

+------------------------------------+-----+------------+--------+
|             Переменная             |Режим|Расположение|Значение|
+------------------------------------+-----+------------+--------+
| update.cl_update_with_bdeps_opt_set| wb  |            | auto   |
| update.cl_update_with_bdeps_set    | wb  | system     | auto   |
+------------------------------------+-----+------------+--------+

Вроде все удачно.
Скажу больше, решилось и это окончательно.
Супер! Надеюсь так и дальше будет.

Увы, обновился, но снова предложение удалить явно нужные пакеты,которых нет в world, но которые есть в зависимостях.

Не знаю что и посоветовать. Подождите знающих людей.

Если Вы экстремал и не боитесь ламерских подходов то на СВОЙ СТРАХ И РИСК

cl-update --verbose --with-bdeps=OFF

если там будет мало пакетов для обновления то обновите их и после смотрите что там получается

cl-core-variables-show --filter cl_update_with_bdeps

и еще раз

cl-update --verbose --with-bdeps=AUTO

надеюсь это поможет.

Я так понимаю что --with-bdeps лучше вообще не использовать даже с emerge.