"Порочный" круг при обновлении (помогите разорвать)

При оновлении все прошло за исключением удаления ненужных пакетов и обновление завершилось ошибкой.
Некоторые пакеты не дают удалить virtual/pam, которого вродь и нет в системе.
В моем случае это
sys-auth/pam_ldap
x11-misc/lightdm
sys-auth/consolekit
net-fs/cifs-utils
С подачи гугла переустановил эти пакеты с опцией --changed-deps y
Установка прошла. Далее cl-update и в конце предлагается удалить кучу пакетов.
На одной машине 84, на другой 132. Соглашаюсь.
Снова cl-update
Ставятся, как я понимаю те пакеты, которые удалились в предыдущем пункте, а в конце снова предложение удалить эти же пакеты.
Пока отказался, но что будет при очередном обновлении неясно.
Помогите разорвать этот порочный круг.

Удалить все четыре пакета и запустить cl-update

У вас при обновление используются бинарные пакеты или некоторые собираются?

Пожалуй бинарные, вродь нигде в настройках не менял
Хотя может что-то и собирается. В /etc/portage/package.use не пусто

Попробовал вариант с удалением 4-х пакетов с последующим cl-update
Поставились эти 4 пакета и снова предлагает удалить 84 файла (на первый взгляд те же,что и раньше)
Предложение на удаление пакетов
PS Пакеты, предлагаемые к удалению отсутствуют в world, но однозначно завязаны в зависимостях.

После обновления похожая ситуация, только с одним пакетом

Очистка системы от ненужных пакетов

  • Вычисление зависимостей … [ ok ]

  • Always study the list of packages to be cleaned for any obvious

  • mistakes. Packages that are part of the world set will always

  • be kept. They can be manually added to this set with

  • emerge --noreplace <atom>. Packages that are listed in

  • package.provided (see portage(5)) will be removed by

  • depclean, even if they are part of the world set.

  • As a safety measure, depclean will not remove any packages

  • unless all required dependencies have been resolved. As a

  • consequence of this, it often becomes necessary to run

  • emerge --update --newuse --deep @world prior to depclean.

  • Dependencies could not be completely resolved due to

  • the following required packages not being installed:

  • =virtual/pam-0-r1[abi_x86_64(-)] pulled in by:

  • sys-auth/pam_ldap-186-r1
    
  • Have you forgotten to do a complete update prior to depclean? The

  • most comprehensive command for this purpose is as follows:

  • emerge --update --newuse --deep --with-bdeps=y @world

  • Note that the --with-bdeps=y option is not required in many

  • situations. Refer to the emerge manual page (run man emerge)

  • for more information about --with-bdeps.

  • Also, note that it may be necessary to manually uninstall

  • packages that no longer exist in the repository, since it may not

  • be possible to satisfy their dependencies.

  • Выполнение Emerge завершилось с ошибкой

  • Не удалось обновить

Я пока ничего не удалял, подскажите что сделать?

У меня почти тоже самое.
Не знаю может стоит попробовать

cl-update --verbose --with-bdeps=ON

Я пробовал --with-bdeps=ON не помогает

Вот снова прилетело обновление на одну из машин.
По cl-update установилось 15 пакетов, а в конце снова предлагает удалить 96 пакетов.
Причем 7 из них только что установленные.

Теперь остались только два пакета

sys-auth/consolekit
sys-auth/pam_ldap

Переустановил эти пакеты
sys-auth/consolekit
sys-auth/pam_ldap
далее cl-update и предлагает удалить ранее установленные 60 пакетов, которые по идее не нужны. В основном это виртуальные и пакеты для разработки. Удалил. Вроде нормально. Перезагрузка. Снова cl-update и опять предлагается установить те 60 пакетов, которые были удалены.
Похоже на замкнутый круг.
Приплыл, срочно нужен хороший лоцман.

Еще один вариант глюка.
Прилетела обнова еще на один РС. Здесь уже нет завязки на virtual/pam, однако установилось 11 пакетов, для удаления предлагается 14. Причем в списке для удаления присутвуют только что установленные пакеты.

* Список пакетов для установки  
 app-emulation/faudio-20.02 
 app-emulation/wine-gecko-2.47.1 
 app-emulation/wine-mono-5.0.0 
 app-emulation/wine-staging-5.9 
 dev-cpp/glibmm-2.64.2 
 gnome-extra/nm-applet-1.8.24-r1 
 net-fs/samba-4.11.8 
 sys-libs/ldb-2.0.10 
 sys-libs/libunwind-1.2.1-r3 
 x11-misc/lightdm-1.30.0 
 x11-misc/lightdm-gtk-greeter-2.0.7-r1 
====================
 Список пакетов для удаления
dev-util/cmake-3.14.6 ...                                              
dev-util/glib-utils-2.58.3 ...                                         
   *app-emulation/wine-staging-5.9 ...*                                     
dev-libs/iniparser-3.1-r1 ...                                          
dev-lang/vala-0.44.11 ...                                              
dev-util/intltool-0.51.0-r2 ...                                        
sys-devel/autoconf-archive-2018.03.13 ...                              
   ***app-emulation/wine-gecko-2.47.1 ..**.*                                    
app-crypt/rhash-1.3.6-r1 ...                                           
dev-libs/libuv-1.28.0 ...                                              
*app-emulation/wine-mono-5.0.0 ...*
*app-emulation/faudio-20.02 ...*
*sys-libs/libunwind-1.2.1-r3 ...*
dev-libs/vala-common-0.44.11 ...

Сразу возник вопрос, каким образом были установлены дополнительные пакеты?
Использовалась ли опция -1 (–oneshot) к emerge?

Если речь о начальном посте, то нет.
В предыдущем посте вообще ничего, кроме cl-update не делалось.

Напрашивается вариант прямой установки тех пакетов, которые гуляют туда-сюда, т.е. ставятся и тут же удаляются. Это по идее занесет их в world и они не будут удаляться.
Похоже что-то поломалось в проверке зависимостей перед удалением пакетов.

Покопался весьма поверхностно в calculate-utils Бросилось в глаза, что после версии
calculate-utils-3.6.7.33 в update.py добавилась опция --dynamic-deps=n перед сканированием пакетов на предмет удаления.
Проделал експеримент. Поправил update.py убрав опцию --dynamic-deps=n
После чего удалил один пакет, к примеру consolekit, и запустил cl-update.
Как и положено установился consolekit и предложило удалить всего одну библиотеку, которая не числится в зависимостях.
Никакого предложения удаления кучи пакетов не последовало.

Проверил еще на одной машине. Замена в update.py
emerge = EmergeParser(EmergeCommand(["–depclean",
“–dynamic-deps=n”],
emerge_default_opts=deo))
на
emerge = EmergeParser(EmergeCommand(["–depclean"],
emerge_default_opts=deo))
приводит к нормальному ходу обновления.
Без этой замены предлагается удалить около сотни пакетов.
Ждем починки утилит ?!

1 Like

Аналогично, но при сборке из исходников:

Вы хотите удалить неиспользуемые пакеты (рекомендуется)? (Yes/No): y
* Удаление (1 из 70) dev-ruby/racc-1.4.14 ...                                                                                  [ ok ]
* Удаление (2 из 70) x11-base/xcb-proto-1.14-r1 ...                                                                            [ ok ]
* Удаление (3 из 70) dev-libs/iniparser-3.1-r1 ...                                                                             [ ok ]
* Удаление (4 из 70) app-arch/cabextract-1.9-r2 ...                                                                            [ ok ]
* Удаление (5 из 70) sys-devel/autoconf-archive-2018.03.13 ...                                                                 [ ok ]
* Удаление (6 из 70) dev-java/javatoolkit-0.3.0-r9 ...                                                                         [ ok ]
* Удаление (7 из 70) app-text/docbook-xml-dtd-4.3-r2 ...                                                                       [ ok ]
* Удаление (8 из 70) app-emulation/spice-protocol-0.14.1 ...                                                                   [ ok ]
* Удаление (9 из 70) dev-libs/appstream-glib-0.7.16 ...                                                                        [ ok ]
* Удаление (10 из 70) net-wireless/b43-fwcutter-019 ...                                                                        [ ok ]
* Удаление (11 из 70) dev-util/kbuild-0.1.9998.3149 ...                                                                        [ ok ]
* Удаление (12 из 70) dev-util/netsurf-buildsystem-1.8-r1 ...                                                                  [ ok ]
* Удаление (13 из 70) dev-libs/check-0.14.0-r2 ...                                                                             [ ok ]
* Удаление (14 из 70) dev-perl/File-ShareDir-Install-0.110.0 ...                                                               [ ok ]
* Удаление (15 из 70) dev-python/sip-4.19.21 ...                                                                               [ ok ]
* Удаление (16 из 70) dev-perl/Module-Build-Tiny-0.39.0 ...                                                                    [ ok ]
* Удаление (17 из 70) sys-devel/automake-1.13.4-r2 ...                                                                         [ ok ]
* Удаление (18 из 70) x11-apps/bdftopcf-1.1 ...                                                                                [ ok ]
* Удаление (19 из 70) app-text/gnome-doc-utils-0.20.10-r2 ...                                                                  [ ok ]
* Удаление (20 из 70) media-libs/glew-2.1.0-r1 ...                                                                             [ ok ]
* Удаление (21 из 70) app-text/asciidoc-8.6.10_p20181016-r1 ...                                                                [ ok ]
* Удаление (22 из 70) dev-ruby/kpeg-1.1.0-r1 ...                                                                               [ ok ]
* Удаление (23 из 70) sys-devel/autogen-5.18.16-r1 ...                                                                         [ ok ]
* Удаление (24 из 70) app-text/po4a-0.47-r1 ...                                                                                [ ok ]
* Удаление (25 из 70) dev-go/go-md2man-1.0.3 ...                                                                               [ ok ]
* Удаление (26 из 70) dev-util/ragel-6.10 ...                                                                                  [ ok ]
* Удаление (27 из 70) dev-python/docutils-0.16 ...                                                                             [ ok ]
* Удаление (28 из 70) dev-python/cython-0.29.15 ...                                                                            [ ok ]
* Удаление (29 из 70) dev-lang/go-bootstrap-1.13.6 ...                                                                         [ ok ]
* Удаление (30 из 70) dev-python/vcversioner-2.16.0.0 ...                                                                      [ ok ]
* Удаление (31 из 70) sys-devel/bin86-0.16.21 ...                                                                              [ ok ]
* Удаление (32 из 70) sys-apps/iucode_tool-2.3.1 ...                                                                           [ ok ]
* Удаление (33 из 70) sys-power/iasl-20200326 ...                                                                              [ ok ]
* Удаление (34 из 70) dev-python/setuptools_scm-3.5.0 ...                                                                      [ ok ]
* Удаление (35 из 70) media-fonts/font-util-1.3.2-r1 ...                                                                       [ ok ]
* Удаление (36 из 70) virtual/ruby-ssl-11 ...                                                                                  [ ok ]
* Удаление (37 из 70) dev-libs/libmspack-0.9.1_alpha-r1 ...                                                                    [ ok ]
* Удаление (38 из 70) app-text/docbook-xml-dtd-4.4-r3 ...                                                                      [ ok ]
* Удаление (39 из 70) dev-perl/TermReadKey-2.370.0 ...                                                                         [ ok ]
* Удаление (40 из 70) dev-perl/ExtUtils-Helpers-0.26.0 ...                                                                     [ ok ]
* Удаление (41 из 70) dev-perl/ExtUtils-InstallPaths-0.11.0 ...                                                                [ ok ]
* Удаление (42 из 70) sys-apps/help2man-1.47.10 ...                                                                            [ ok ]
* Удаление (43 из 70) dev-perl/SGMLSpm-1.1-r1 ...                                                                              [ ok ]
* Удаление (44 из 70) app-text/scrollkeeper-dtd-1.0-r1 ...                                                                     [ ok ]
* Удаление (45 из 70) virtual/awk-1 ...                                                                                        [ ok ]
* Удаление (46 из 70) dev-perl/Text-WrapI18N-0.60.0-r1 ...                                                                     [ ok ]
* Удаление (47 из 70) dev-scheme/guile-2.2.4 ...                                                                               [ ok ]
* Удаление (48 из 70) app-text/openjade-1.3.2-r9 ...                                                                           [ ok ]
* Удаление (49 из 70) dev-go/blackfriday-1.2_p20150720 ...                                                                     [ ok ]
* Удаление (50 из 70) app-text/opensp-1.5.2-r3 ...                                                                             [ ok ]
* Удаление (51 из 70) dev-perl/Text-CharWidth-0.40.0-r1 ...                                                                    [ ok ]
* Удаление (52 из 70) dev-go/sanitized-anchor-name-0_pre20151027 ...                                                           [ ok ]
* Удаление (53 из 70) dev-perl/Module-Build-0.422.400 ...                                                                      [ ok ]
* Удаление (54 из 70) dev-perl/ExtUtils-Config-0.8.0 ...                                                                       [ ok ]
* Удаление (55 из 70) dev-perl/Locale-gettext-1.70.0 ...                                                                       [ ok ]
* Удаление (56 из 70) virtual/perl-Module-Metadata-1.0.36 ...                                                                  [ ok ]
* Удаление (57 из 70) virtual/perl-ExtUtils-Manifest-1.720.0 ...                                                               [ ok ]
* Удаление (58 из 70) virtual/perl-Perl-OSType-1.10.0-r3 ...                                                                   [ ok ]
* Удаление (59 из 70) virtual/perl-ExtUtils-ParseXS-3.400.0 ...                                                                [ ok ]
* Удаление (60 из 70) virtual/perl-podlators-4.110.0 ...                                                                       [ ok ]
* Удаление (61 из 70) virtual/perl-Text-ParseWords-3.300.0-r6 ...                                                              [ ok ]
* Удаление (62 из 70) virtual/perl-CPAN-Meta-2.150.10-r3 ...                                                                   [ ok ]
* Удаление (63 из 70) virtual/perl-ExtUtils-CBuilder-0.280.231 ...                                                             [ ok ]
* Удаление (64 из 70) virtual/perl-ExtUtils-Install-2.140.0-r2 ...                                                             [ ok ]
* Удаление (65 из 70) virtual/perl-Getopt-Long-2.500.0-r2 ...                                                                  [ ok ]
* Удаление (66 из 70) virtual/perl-ExtUtils-MakeMaker-7.340.0-r2 ...                                                           [ ok ]
* Удаление (67 из 70) virtual/perl-JSON-PP-4.20.0 ...                                                                          [ ok ]
* Удаление (68 из 70) virtual/perl-Parse-CPAN-Meta-2.150.10-r3 ...                                                             [ ok ]
* Удаление (69 из 70) virtual/perl-CPAN-Meta-YAML-0.18.0-r5 ...                                                                [ ok ]
* Удаление (70 из 70) dev-lang/go-1.14.2 ... [ ok ]

emerge --newuse --update --deep --with-bdeps=y @world
Calculating dependencies... done!
[ebuild  N     ] sys-devel/autoconf-archive-2018.03.13 
[ebuild  N     ] app-emulation/spice-protocol-0.14.1 
[ebuild  N     ] dev-lang/go-bootstrap-1.13.6  USE="(-big-endian)" 
[ebuild  N     ] sys-apps/iucode_tool-2.3.1 
[ebuild  N     ] net-wireless/b43-fwcutter-019 
[ebuild  N     ] dev-util/netsurf-buildsystem-1.8-r1 
[ebuild  N     ] sys-devel/bin86-0.16.21 
[ebuild  N     ] dev-lang/go-1.14.2 
[ebuild  N     ] dev-go/sanitized-anchor-name-0_pre20151027 
[ebuild  N     ] dev-go/blackfriday-1.2_p20150720 
[ebuild  N     ] dev-go/go-md2man-1.0.3 
[ebuild  N     ] sys-power/iasl-20200326  USE="-test" 
[ebuild  N     ] virtual/awk-1 
[ebuild  N     ] virtual/perl-ExtUtils-MakeMaker-7.340.0-r2 
[ebuild  N     ] virtual/perl-Getopt-Long-2.500.0-r2 
[ebuild  N     ] virtual/perl-Text-ParseWords-3.300.0-r6 
[ebuild  N     ] virtual/perl-ExtUtils-CBuilder-0.280.231 
[ebuild  N     ] virtual/perl-ExtUtils-Install-2.140.0-r2 
[ebuild  N     ] virtual/perl-ExtUtils-ParseXS-3.400.0 
[ebuild  N     ] virtual/perl-JSON-PP-4.20.0 
[ebuild  N     ] virtual/perl-podlators-4.110.0 
[ebuild  N     ] virtual/perl-CPAN-Meta-YAML-0.18.0-r5 
[ebuild  N     ] virtual/perl-Parse-CPAN-Meta-2.150.10-r3 
[ebuild  N     ] dev-perl/Text-CharWidth-0.40.0-r1 
[ebuild  N     ] virtual/perl-ExtUtils-Manifest-1.720.0 
[ebuild  N     ] virtual/perl-Module-Metadata-1.0.36 
[ebuild  N     ] virtual/perl-Perl-OSType-1.10.0-r3 
[ebuild  N     ] dev-perl/ExtUtils-Config-0.8.0  USE="-test" 
[ebuild  N     ] virtual/perl-CPAN-Meta-2.150.10-r3 
[ebuild  N     ] dev-perl/File-ShareDir-Install-0.110.0  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-perl/ExtUtils-Helpers-0.26.0  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-perl/TermReadKey-2.370.0  USE="-examples" 
[ebuild  N     ] dev-perl/Text-WrapI18N-0.60.0-r1 
[ebuild  N     ] dev-perl/Module-Build-0.422.400  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-perl/ExtUtils-InstallPaths-0.11.0  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-perl/Module-Build-Tiny-0.39.0  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-perl/SGMLSpm-1.1-r1 
[ebuild  N     ] dev-libs/libmspack-0.9.1_alpha-r1  USE="-debug -doc -static-libs" ABI_X86="(64) -32 (-x32)" 
[ebuild  N     ] dev-util/ragel-6.10  USE="-vim-syntax" 
[ebuild  N     ] x11-base/xcb-proto-1.14-r1  ABI_X86="32 (64) (-x32)" PYTHON_TARGETS="python3_6 python3_7 (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] media-fonts/font-util-1.3.2-r1 
[ebuild  N     ] app-text/scrollkeeper-dtd-1.0-r1 
[ebuild  N     ] dev-python/sip-4.19.21  USE="-doc" PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] dev-python/cython-0.29.15  USE="-doc -emacs -test" PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-pypy3) (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] dev-java/javatoolkit-0.3.0-r9  PYTHON_TARGETS="python2_7" 
[ebuild  N     ] x11-apps/bdftopcf-1.1 
[ebuild  N     ] app-arch/cabextract-1.9-r2  USE="-extras" 
[ebuild  N     ] dev-python/vcversioner-2.16.0.0  USE="-test" PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-pypy3)" 
[ebuild  N     ] dev-python/setuptools_scm-3.5.0  USE="-test" PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-pypy3) (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] dev-perl/Locale-gettext-1.70.0 
[ebuild  N     ] dev-scheme/guile-2.2.4  USE="deprecated networking nls regex threads -debug -debug-malloc" 
[ebuild  N     ] app-text/opensp-1.5.2-r3  USE="nls -doc -static-libs -test" 
[ebuild  N     ] media-libs/glew-2.1.0-r1  USE="-doc -static-libs" ABI_X86="(64) -32 (-x32)" 
[ebuild  N     ] dev-python/docutils-0.16  PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-pypy3) (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] dev-util/kbuild-0.1.9998.3149 
[ebuild  N     ] sys-apps/help2man-1.47.10  USE="nls" 
[ebuild  NS    ] app-text/docbook-xml-dtd-4.3-r2 [4.1.2-r7, 4.2-r3, 4.5-r2]
[ebuild  NS    ] app-text/docbook-xml-dtd-4.4-r3 [4.1.2-r7, 4.2-r3, 4.5-r2]
[ebuild  N     ] sys-devel/autogen-5.18.16-r1  USE="libopts -static-libs" 
[ebuild  N     ] app-text/openjade-1.3.2-r9 
[ebuild  N     ] app-text/asciidoc-8.6.10_p20181016-r1  USE="-examples -graphviz -highlight -test" PYTHON_SINGLE_TARGET="python3_7 (-pypy3) -python3_6" 
[ebuild  NS    ] sys-devel/automake-1.13.4-r2 [1.16.1-r1]
[ebuild  N     ] app-text/gnome-doc-utils-0.20.10-r2  PYTHON_TARGETS="python3_6 python3_7 (-python3_8)" 
[ebuild  N     ] app-text/po4a-0.47-r1  USE="-test" 
[ebuild  N     ] dev-libs/check-0.14.0-r2  USE="-doc -subunit -test" ABI_X86="(64) -32 (-x32)" 
[ebuild  N     ] virtual/ruby-ssl-11  RUBY_TARGETS="ruby24 ruby25 (-ruby26) (-ruby27)" 
[ebuild  N     ] dev-ruby/kpeg-1.1.0-r1  USE="-doc -test" RUBY_TARGETS="ruby24 ruby25 (-ruby26) (-ruby27)" 
[ebuild  N     ] dev-ruby/racc-1.4.14  USE="-doc -test" RUBY_TARGETS="ruby24 ruby25 (-ruby26)" 
[ebuild  N     ] dev-libs/appstream-glib-0.7.16  USE="introspection -fonts -gtk-doc -stemmer" 

WARNING: One or more updates/rebuilds have been skipped due to a dependency conflict:

dev-python/pygments:0

(dev-python/pygments-2.6.1:0/0::gentoo, ebuild scheduled for merge) USE="-doc -test" ABI_X86="(64)" PYTHON_TARGETS="python3_6 python3_7 (-pypy3) (-python3_8)" conflicts with
dev-python/pygments[python_targets_python2_7(-),python_targets_python3_6(-),python_targets_python3_7(-),-python_single_target_pypy3(-),-python_single_target_python2_7(-),-python_single_target_python3_6(-),-python_single_target_python3_7(-),-python_single_target_python3_8(-)] required by (dev-python/docutils-0.16:0/0::gentoo, ebuild scheduled for merge) USE="" ABI_X86="(64)" PYTHON_TARGETS="python2_7 python3_6 python3_7 (-pypy3) (-python3_8)"

emerge --depclean

* Always study the list of packages to be cleaned for any obvious
* mistakes. Packages that are part of the world set will always
* be kept.  They can be manually added to this set with
* `emerge --noreplace <atom>`.  Packages that are listed in
* package.provided (see portage(5)) will be removed by
* depclean, even if they are part of the world set.
* 
* As a safety measure, depclean will not remove any packages
* unless *all* required dependencies have been resolved.  As a
* consequence of this, it often becomes necessary to run 
* `emerge --update --newuse --deep @world` prior to depclean.

Calculating dependencies... done!
>>> Calculating removal order...

dev-lang/go-bootstrap
selected: 1.13.6 
protected: none 
omitted: none 

All selected packages: =dev-lang/go-bootstrap-1.13.6

И по кругу…

Сегодня обновились calculate-utils до версии 3.6.7.36
Что интересно, на одной машине с xfce обновление прошло успешно, на другой с mate по завершению предложило удалить 99 пакетов.

Это нормально. Мы доработали механизм чистки неиспользуемых пакетов, вот они и удаляются. Раньше из-за таких пакетов периодически возникали блокировки при обновлении.

Да, но удаляются нужные пакеты, которые при следующем обновлении снова ставятся.

А зачем вы обновляете систему с --with-bdeps=y? Удаляются пакеты, которые являются сборочными зависимостями бинарных пакетов. Если использовать автоматический режим bdeps, то сборочные зависимсоти будут вытянуты только для компилируемых пакетов.