Второй день странное обновление

Попробуйте выполнить cl-update с параметром --with-bdeps=auto.

# cl-update -v --with-bdeps=auto       
Синхронизация репозиториев
 * Проверка текущего сервера обновлений ...                                                                      [ ok ]
 * Проверка обновлений Distros ...                                                                               [ ok ]
 * Проверка обновлений Calculate ...                                                                             [ ok ]
 * Проверка обновлений Gentoo ...                                                                                [ ok ]
 * Синхронизация завершена
Конфигурация системы
 * Сервер обновлений https://mirror.yandex.ru/calculate
Обновление пакетов
 * Вычисление зависимостей ...
 * Список пакетов для установки  
 * 
 * Virtual to select between libjpeg-turbo and IJG jpeg for source-based packages (NS) virtual/jpeg-62 (0 KiB)
 * 
 * 17 пакетов будет установлено, 631197 KiB будет загружено

Вы хотите установить эти пакеты? (Yes/No): y
 * Получение бинарных пакетов ...                                                                               [ ok ]
 * (1 из 17) Virtual to select between libjpeg-turbo and IJG jpeg for source-based packages
 * Сборка virtual/jpeg-62 ...                                                                                   [ ok ]
 * Установка virtual/jpeg-62 [0-r3] ...                                                                         [ ok ]
 * 
Очистка системы от ненужных пакетов
 * Вычисление зависимостей ...
 * Список удаляемых пакетов  
 * Апплет сети NetworkManager для GNOME gnome-extra/nm-applet-1.8.24
 * Virtual to select between libjpeg-turbo and IJG jpeg for source-based packages virtual/jpeg-62

Вы хотите удалить неиспользуемые пакеты (рекомендуется)? (Yes/No): y
 * Удаление (1 из 2) gnome-extra/nm-applet-1.8.24 ...                                                          [ ok ]
 * Удаление (2 из 2) virtual/jpeg-62 ...                                                                       [ ok ]
Пересборка зависимых модулей
 * Обновление сохранённых библиотек ...                                                                        [ ok ]
 * Обновление конфигурационных файлов ...                                                                      [ ok ]
 * Обновление системы завершено!

Посмотрим, что будет дальше.

# cl-update -v --with-bdeps=auto
Синхронизация репозиториев
 * Проверка текущего сервера обновлений ...                                                                                                                [ ok ]
 * Проверка обновлений Distros ...                                                                                                                         [ ok ]
 * Синхронизация Distros репозитория ...                                                                                                                   [ ok ]
 * Проверка обновлений Calculate ...                                                                                                                       [ ok ]
 * Синхронизация Calculate репозитория ...                                                                                                                 [ ok ]
 * Проверка обновлений Gentoo ...                                                                                                                          [ ok ]
 * Обновление индекса пакетов ...                                                                                                                          [ ok ]
 * Проверка подписи индекса пакетов ...                                                                                                                    [ ok ]
 * Обновление кэша репозитория Distros ...                                                                                                                 [ ok ]
 * Обновление кэша репозитория Calculate ...                                                                                                               [ ok ]
 * Обновление кэша eix для репозиториев Distros, Calculate, Gentoo ...                                                                                     [ ok ]
 * Обновление кэша настраиваемых пакетов ...                                                                                                               [ ok ]
 * Синхронизация завершена
Конфигурация системы
 * Сервер обновлений https://mirror.yandex.ru/calculate
 * Исправление настроек ...
 * Утилиты Calculate изменили файлы:  
 *      /etc/portage/make.conf/binhost  
 * Обновление конфигурационных файлов ...                                                                                                                  [ ok ]
Обновление пакетов
 * Вычисление зависимостей ...
 * Список пакетов для установки  
 * Набор Calculate утилит для установки, сборки и обновления системы (U) sys-apps/calculate-utils-3.6.7.28 (3278 KiB)
 * Virtual to select between libjpeg-turbo and IJG jpeg for source-based packages (NS) virtual/jpeg-62 (0 KiB)
 * 2 пакетов будет установлено, 3278 KiB будет загружено

Вы хотите установить эти пакеты? (Yes/No): y
 * (1 из 2) Virtual to select between libjpeg-turbo and IJG jpeg for source-based packages
 * Сборка virtual/jpeg-62 ...                                                                                                                              [ ok ]
 * Установка virtual/jpeg-62 [0-r3] ...                                                                                                                    [ ok ]
 * (2 из 2) Набор Calculate утилит для установки, сборки и обновления системы
 * Сборка sys-apps/calculate-utils-3.6.7.28 ...                                                                                                            [ ok ]
 * Установка sys-apps/calculate-utils-3.6.7.28 [3.6.7.27] ...                                                                                              [ ok ]
Очистка системы от ненужных пакетов
 * Вычисление зависимостей ...
 * Список удаляемых пакетов  
 * Virtual to select between libjpeg-turbo and IJG jpeg for source-based packages virtual/jpeg-62

Вы хотите удалить неиспользуемые пакеты (рекомендуется)? (Yes/No): y
 * Удаление (1 из 1) virtual/jpeg-62 ...                                                                                                                   [ ok ]
Пересборка зависимых модулей
 * Обновление сохранённых библиотек ...                                                                                                                    [ ok ]
 * Обновление конфигурационных файлов ...                                                                                                                  [ ok ]
 * Обновление системы завершено!

Как видим, всё повторилось и сегодня.

Через два часа после последнего обновления в панели задач появился значок с уведомлением, что готово обновление.
В результате…

У меня такое тоже было. Удалил вручную и затем cl-update -v --with-bdeps=y.

Я заметил отличие CL от gentoo в том как конфликтуют пакеты libjpeg-turbo и jpeg между собой. В генту с недавних пор жестко, нельзя оба пакета ставить, а в CL если хочешь обновить jpeg на v9 то необходимо удалить libjpeg-turbo. Как-то так.

Чего вручную удалять?
media-libs/libjpeg-turbo
media-libs/openjpeg
virtual/jpeg

Удалить это
virtual/jpeg

потом
emerge @preserved-rebuild

Нет, удаление virtual/jpeg и emerge @preserved-rebuild не помогло. Всё то же самое.
Постоянно устанавливается и удаляется пакет.
Можно раз за разом запускать cl-update и всегда будет устанавливаться и сразу удаляться virtual/jpeg-62.
Причём, если запросить eix virtual/jpeg, то в оверлее версии 62 нет. Есть толко версия jpeg-0-r3.

Решение найдено.
Сначала надо удалить пакет virtual/jpeg.
По пути /var/calculate/packages/x86_64/virtual надо удалить пакет jpeg-62.
После cl-update.
Установится пакет virtual/jpeg-0-r3 и всё!!!
Всем огромное спасибо за участие и советы!

Если не ошибаюсь для этого есть Eclean.

Да. Но вообще-то и проблемы такой не должно быть.
Согласитесь, весьма странно, что устанавливается пакет, который просто лежит в директории по этому пути.
Там много лежит версий различных пакетов. Однако они же не устанавливаются один за другим.
Да и бесконечный процесс установки и последующего удаления весьма странный сам по себе.
Мне кажется, что с этим надо разобраться как-то по другому, не через eclean.
Только я пока не знаю как. Думаю, что это не частная проблема и может повториться вновь.

Недавно заметил уведомление cl-update об удалении устаревших пакетов. Раньше вроде не было такого.

Не хочу создавать топик. Немного потроллю.

Как правильно отключить автообновление? Достаточно будет

cl-setup-update --autocheck=OFF

или еще чего надо сделать?

Как я и предполагал, ситуация повторилась. Только теперь не один, а 86 пакетов устанавливаются и сразу удаляются.

# cl-update
Синхронизация репозиториев
 * Проверка текущего сервера обновлений ...                                                                                                                [ ok ]
 * Проверка обновлений Distros ...                                                                                                                         [ ok ]
 * Проверка обновлений Calculate ...                                                                                                                       [ ok ]
 * Проверка обновлений Gentoo ...                                                                                                                          [ ok ]
 * Синхронизация завершена
Конфигурация системы
 * Сервер обновлений https://mirror.yandex.ru/calculate
Обновление пакетов
 * Вычисление зависимостей ...
 * Список пакетов для установки  
 * Утилита для распаковки CAB-архивов, используемых в операционных системах Microsoft (N) app-arch/cabextract-1.9-r2 (60 KiB)
 * Библиотека архиватора lzip (N) app-arch/lzlib-1.11 (71 KiB)
 * Параллельный архиватор lzip (N) app-arch/plzip-1.8 (72 KiB)
 * Система документации, поддерживающая большинство языков программирования (N) app-doc/doxygen-1.8.17 (5548 KiB)
 * Утилита для управления несколькими версиями языка Ruby (N) app-eselect/eselect-ruby-20190121 (12 KiB)
 * A plain text human readable/writable document format (N) app-text/asciidoc-8.6.10_p20181016-r1 (255 KiB)
 * Определения типов документов, используемые для проверки XML-файлов на соответствие набору правил DocBook (NS) app-text/docbook-xml-dtd-4.3-r2 (67 KiB)
 * Определения типов документов, используемые для проверки XML-файлов на соответствие набору правил DocBook (NS) app-text/docbook-xml-dtd-4.4-r3 (72 KiB)
 * Google Test, библиотека для модульного тестирования на языке C++ (N) dev-cpp/gtest-1.9.0_pre20190607 (398 KiB)
 * Build infrastructure and utilities for GNOME C++ bindings (N) dev-cpp/mm-common-1.0.0 (412 KiB)
 * An extremely memory-efficient hash_map implementation (N) dev-cpp/sparsehash-2.0.3-r1 (100 KiB)
 * Многопоточный язык программирования со строгой типизацией и сборщиком мусора (N) dev-lang/go-1.14.2 (114525 KiB)
 * Объектно-ориентированный скриптовый язык (N) dev-lang/ruby-2.5.8 (3883 KiB)
 * Объектно-ориентированный скриптовый язык (N) dev-lang/ruby-2.4.10 (3861 KiB)
 * A libsass command line driver (N) dev-lang/sassc-3.6.0 (27 KiB)
 * Компилятор для систем на основе библиотек GObject (N) dev-lang/vala-0.46.7 (2239 KiB)
 * Библиотека, предоставляющая GObjects и вспомогательные методы для чтения и записи метаданных AppStream (N) dev-libs/appstream-glib-0.7.16 (425 KiB)
 * Среда модульного тестирования для языка C (N) dev-libs/check-0.14.0-r2 (100 KiB)
 * Small, safe and fast formatting library (N) dev-libs/libfmt-6.1.2 (196 KiB)
 * A library for Microsoft compression formats (N) dev-libs/libmspack-0.9.1_alpha-r1 (95 KiB)
 * A C/C++ implementation of a Sass CSS compiler (N) dev-libs/libsass-3.6.1 (980 KiB)
 * Синтаксический анализатор и генератор YAML 1.1; написан на языке C (N) dev-libs/libyaml-0.2.2 (79 KiB)
 * Very fast, header only, C++ logging library (N) dev-libs/spdlog-1.5.0 (275 KiB)
 * Инфраструктура сборки для пакетов, использующих язык Vala (N) dev-libs/vala-common-0.46.7 (15 KiB)
 * Обёртка, которая позволяет читать содержимое ZIP-архива как обычные файлы (N) dev-perl/Archive-Zip-1.640.0 (65 KiB)
 * A wrapper for perl's configuration (N) dev-perl/ExtUtils-Config-0.8.0 (17 KiB)
 * Easily build XS extensions that depend on XS extensions (N) dev-perl/ExtUtils-Depends-0.405.0 (29 KiB)
 * Various portability utilities for module builders (N) dev-perl/ExtUtils-Helpers-0.26.0 (20 KiB)
 * Build.PL install path logic made easy (N) dev-perl/ExtUtils-InstallPaths-0.11.0 (23 KiB)
 * Простой интерфейс на языке Perl для утилиты pkg-config (N) dev-perl/ExtUtils-PkgConfig-1.160.0 (22 KiB)
 * Install shared files (N) dev-perl/File-ShareDir-Install-0.110.0 (20 KiB)
 * Модуль Perl, обеспечивающий доступ к утилитам локализации GNU (N) dev-perl/Locale-gettext-1.70.0 (26 KiB)
 * Общий фреймворк для журналирования (N) dev-perl/Log-Agent-1.1.0 (57 KiB)
 * Утилита сборки и установки модулей Perl (N) dev-perl/Module-Build-0.422.400 (169 KiB)
 * A tiny replacement for Module::Build (N) dev-perl/Module-Build-Tiny-0.39.0 (36 KiB)
 * Компилятор с языка Python на С (N) dev-python/cython-0.29.15 (9509 KiB)
 * Manage versions by scm tags via setuptools (N) dev-python/setuptools_scm-3.5.0 (108 KiB)
 * Генератор модулей для расширений Python для библиотек языков C и C++ (N) dev-python/sip-4.19.21 (526 KiB)
 * 'did you mean?'experience in Ruby (N) dev-ruby/did_you_mean-1.2.1 (34 KiB)
 * 'did you mean?'experience in Ruby (N) dev-ruby/did_you_mean-1.1.2 (38 KiB)
 * Расширение JSON в языке Ruby (N) dev-ruby/json-2.3.0 (89 KiB)
 * A simple PEG library for Ruby (N) dev-ruby/kpeg-1.1.0-r1 (45 KiB)
 * Minitest/unit is a small and fast replacement for ruby's huge and slow test/unit (N) dev-ruby/minitest-5.11.3 (77 KiB)
 * Provides telnet client functionality (N) dev-ruby/net-telnet-0.1.1-r1 (40 KiB)
 * Shows each value of variables and method calls in the expression (N) dev-ruby/power_assert-1.1.5 (35 KiB)
 * Генератор LALR(1)-анализаторов для языка Ruby (N) dev-ruby/racc-1.4.14 (117 KiB)
 * Инструмент для автоматизации сборки в языке Ruby, подобный Make (N) dev-ruby/rake-12.3.3 (66 KiB)
 * Расширенная версия библиотеки RDoc из языка Ruby версии 1.8 (N) dev-ruby/rdoc-6.1.2 (905 KiB)
 * Менеджер пакетов для языка Ruby, предоставляющий стандартный формат для написанных на нём программ (N) dev-ruby/rubygems-2.7.10 (463 KiB)
 * An xUnit family unit testing framework for Ruby (N) dev-ruby/test-unit-3.3.3 (106 KiB)
 * XMLRPC is a lightweight protocol that enables remote procedure calls over HTTP (N) dev-ruby/xmlrpc-0.3.0 (54 KiB)
 * Мощная, но простая в использовании система сборки, предназначенная для разработки крупных проектов (N) dev-util/boost-build-1.72.0 (424 KiB)
 * Известный фреймворк JUnit для модульного тестирования, портированный на C++ (N) dev-util/cppunit-1.14.0 (255 KiB)
 * Генератор кода и документации для GDBus (N) dev-util/gdbus-codegen-2.62.6 (108 KiB)
 * Build utilities for GLib using projects (N) dev-util/glib-utils-2.62.6 (55 KiB)
 * Генератор "идеальных" хэш-функций (N) dev-util/gperf-3.1 (161 KiB)
 * Файлы automake из пакета gtk-doc (N) dev-util/gtk-doc-am-1.32 (16 KiB)
 * Build system used for netsurf and its libs (N) dev-util/netsurf-buildsystem-1.8-r1 (26 KiB)
 * Компилятор конечных автоматов с регулярных языков в исполняемый код (N) dev-util/ragel-6.10 (711 KiB)
 * Генератор основанных на языке C распознавателей по регулярным выражениям (N) dev-util/re2c-1.3-r1 (330 KiB)
 * Утилиты для шрифтов X.Org (N) media-fonts/font-util-1.3.2-r1 (57 KiB)
 * Кроссплатформенная библиотека, упрощающая обработку расширений OpenGL (N) media-libs/glew-2.1.0-r1 (428 KiB)
 * Математическая библиотека для OpenGL (N) media-libs/glm-0.9.9.7 (229 KiB)
 * Утилита прошивки для беспроводных сетевых устройств на базе Broadcom 43xx, использующих беспроводной стек mac80211 (N) net-wireless/b43-fwcutter-019 (36 KiB)
 * Утилита GNU для преобразования вывода программы, запущенной с параметром –help, в man-руководство (N) sys-apps/help2man-1.47.10 (193 KiB)
 * Набор макросов для свободной утилиты autoconf (N) sys-devel/autoconf-archive-2018.03.13 (577 KiB)
 * Library for preprocessing C compliant to ISO-C99 (N) sys-devel/ucpp-1.3.4 (101 KiB)
 * Виртуальный пакет для языка awk (N) virtual/awk-1 (8 KiB)
 * Виртуальный пакет для модуля CPAN-Meta (N) virtual/perl-CPAN-Meta-2.150.10-r3 (10 KiB)
 * Виртуальный пакет для модуля CPAN-Meta-YAML (N) virtual/perl-CPAN-Meta-YAML-0.18.0-r5 (10 KiB)
 * Виртуальный пакет для модуля ExtUtils-CBuilder (N) virtual/perl-ExtUtils-CBuilder-0.280.231 (9 KiB)
 * Виртуальный пакет для модуля ExtUtils-Install (N) virtual/perl-ExtUtils-Install-2.140.0-r2 (10 KiB)
 * Виртуальный пакет для модуля ExtUtils-MakeMaker (N) virtual/perl-ExtUtils-MakeMaker-7.340.0-r2 (10 KiB)
 * Виртуальный пакет для модуля ExtUtils-Manifest (N) virtual/perl-ExtUtils-Manifest-1.720.0 (9 KiB)
 * Виртуальный пакет для модуля ExtUtils-ParseXS (N) virtual/perl-ExtUtils-ParseXS-3.400.0 (9 KiB)
 * Виртуальный пакет для модуля JSON-PP (N) virtual/perl-JSON-PP-4.20.0 (9 KiB)
 * Виртуальный пакет для модуля Module-Metadata (N) virtual/perl-Module-Metadata-1.0.36 (9 KiB)
 * Виртуальный пакет для модуля Parse-CPAN-Meta (N) virtual/perl-Parse-CPAN-Meta-2.150.10-r3 (10 KiB)
 * Виртуальный пакет для модуля Perl-OSType (N) virtual/perl-Perl-OSType-1.10.0-r3 (10 KiB)
 * Виртуальный пает для модуля Text-ParseWords (N) virtual/perl-Text-ParseWords-3.300.0-r6 (11 KiB)
 * Virtual for podlators (N) virtual/perl-podlators-4.110.0 (9 KiB)
 * Virtual package for building against PoDoFo (N) virtual/podofo-build-0.9.6 (10 KiB)
 * Virtual ebuild for the Ruby OpenSSL bindings (N) virtual/ruby-ssl-11 (20 KiB)
 * Виртуальный ebuild-сценарий для RubyGems (N) virtual/rubygems-15 (19 KiB)
 * X.Org-утилита bdftopcf (N) x11-apps/bdftopcf-1.1 (61 KiB)
 * Заголовки протоколов Bindings для языка C в оконной системе X (N) x11-base/xcb-proto-1.14-r1 (191 KiB)
 * 86 пакетов будет установлено, 150561 KiB будет загружено

Вы хотите установить эти пакеты? (Yes/No): y

...

Очистка системы от ненужных пакетов
 * Вычисление зависимостей ...
 * Список удаляемых пакетов  
 * Утилита для распаковки CAB-архивов, используемых в операционных системах Microsoft app-arch/cabextract-1.9-r2
 * Библиотека архиватора lzip app-arch/lzlib-1.11
 * Параллельный архиватор lzip app-arch/plzip-1.8
 * Система документации, поддерживающая большинство языков программирования app-doc/doxygen-1.8.17
 * Утилита для управления несколькими версиями языка Ruby app-eselect/eselect-ruby-20190121
 * A plain text human readable/writable document format app-text/asciidoc-8.6.10_p20181016-r1
 * Определения типов документов, используемые для проверки XML-файлов на соответствие набору правил DocBook app-text/docbook-xml-dtd-4.4-r3
 * Определения типов документов, используемые для проверки XML-файлов на соответствие набору правил DocBook app-text/docbook-xml-dtd-4.3-r2
 * Google Test, библиотека для модульного тестирования на языке C++ dev-cpp/gtest-1.9.0_pre20190607
 * Build infrastructure and utilities for GNOME C++ bindings dev-cpp/mm-common-1.0.0
 * An extremely memory-efficient hash_map implementation dev-cpp/sparsehash-2.0.3-r1
 * Многопоточный язык программирования со строгой типизацией и сборщиком мусора dev-lang/go-1.14.2
 * Объектно-ориентированный скриптовый язык dev-lang/ruby-2.5.8
 * Объектно-ориентированный скриптовый язык dev-lang/ruby-2.4.10
 * A libsass command line driver dev-lang/sassc-3.6.0
 * Компилятор для систем на основе библиотек GObject dev-lang/vala-0.46.7
 * Библиотека, предоставляющая GObjects и вспомогательные методы для чтения и записи метаданных AppStream dev-libs/appstream-glib-0.7.16
 * Среда модульного тестирования для языка C dev-libs/check-0.14.0-r2
 * Small, safe and fast formatting library dev-libs/libfmt-6.1.2
 * A library for Microsoft compression formats dev-libs/libmspack-0.9.1_alpha-r1
 * A C/C++ implementation of a Sass CSS compiler dev-libs/libsass-3.6.1
 * Синтаксический анализатор и генератор YAML 1.1; написан на языке C dev-libs/libyaml-0.2.2
 * Very fast, header only, C++ logging library dev-libs/spdlog-1.5.0
 * Инфраструктура сборки для пакетов, использующих язык Vala dev-libs/vala-common-0.46.7
 * Обёртка, которая позволяет читать содержимое ZIP-архива как обычные файлы dev-perl/Archive-Zip-1.640.0
 * A wrapper for perl's configuration dev-perl/ExtUtils-Config-0.8.0
 * Easily build XS extensions that depend on XS extensions dev-perl/ExtUtils-Depends-0.405.0
 * Various portability utilities for module builders dev-perl/ExtUtils-Helpers-0.26.0
 * Build.PL install path logic made easy dev-perl/ExtUtils-InstallPaths-0.11.0
 * Простой интерфейс на языке Perl для утилиты pkg-config dev-perl/ExtUtils-PkgConfig-1.160.0
 * Install shared files dev-perl/File-ShareDir-Install-0.110.0
 * Модуль Perl, обеспечивающий доступ к утилитам локализации GNU dev-perl/Locale-gettext-1.70.0
 * Общий фреймворк для журналирования dev-perl/Log-Agent-1.1.0
 * Утилита сборки и установки модулей Perl dev-perl/Module-Build-0.422.400
 * A tiny replacement for Module::Build dev-perl/Module-Build-Tiny-0.39.0
 * Компилятор с языка Python на С dev-python/cython-0.29.15
 * Manage versions by scm tags via setuptools dev-python/setuptools_scm-3.5.0
 * Генератор модулей для расширений Python для библиотек языков C и C++ dev-python/sip-4.19.21
 * 'did you mean?'experience in Ruby dev-ruby/did_you_mean-1.2.1
 * 'did you mean?'experience in Ruby dev-ruby/did_you_mean-1.1.2
 * Расширение JSON в языке Ruby dev-ruby/json-2.3.0
 * A simple PEG library for Ruby dev-ruby/kpeg-1.1.0-r1
 * Minitest/unit is a small and fast replacement for ruby's huge and slow test/unit dev-ruby/minitest-5.11.3
 * Provides telnet client functionality dev-ruby/net-telnet-0.1.1-r1
 * Shows each value of variables and method calls in the expression dev-ruby/power_assert-1.1.5
 * Генератор LALR(1)-анализаторов для языка Ruby dev-ruby/racc-1.4.14
 * Инструмент для автоматизации сборки в языке Ruby, подобный Make dev-ruby/rake-12.3.3
 * Расширенная версия библиотеки RDoc из языка Ruby версии 1.8 dev-ruby/rdoc-6.1.2
 * Менеджер пакетов для языка Ruby, предоставляющий стандартный формат для написанных на нём программ dev-ruby/rubygems-2.7.10
 * An xUnit family unit testing framework for Ruby dev-ruby/test-unit-3.3.3
 * XMLRPC is a lightweight protocol that enables remote procedure calls over HTTP dev-ruby/xmlrpc-0.3.0
 * Мощная, но простая в использовании система сборки, предназначенная для разработки крупных проектов dev-util/boost-build-1.72.0
 * Известный фреймворк JUnit для модульного тестирования, портированный на C++ dev-util/cppunit-1.14.0
 * Генератор кода и документации для GDBus dev-util/gdbus-codegen-2.62.6
 * Build utilities for GLib using projects dev-util/glib-utils-2.62.6
 * Генератор "идеальных" хэш-функций dev-util/gperf-3.1
 * Файлы automake из пакета gtk-doc dev-util/gtk-doc-am-1.32
 * Build system used for netsurf and its libs dev-util/netsurf-buildsystem-1.8-r1
 * Компилятор конечных автоматов с регулярных языков в исполняемый код dev-util/ragel-6.10
 * Генератор основанных на языке C распознавателей по регулярным выражениям dev-util/re2c-1.3-r1
 * Утилиты для шрифтов X.Org media-fonts/font-util-1.3.2-r1
 * Кроссплатформенная библиотека, упрощающая обработку расширений OpenGL media-libs/glew-2.1.0-r1
 * Математическая библиотека для OpenGL media-libs/glm-0.9.9.7
 * Утилита прошивки для беспроводных сетевых устройств на базе Broadcom 43xx, использующих беспроводной стек mac80211 net-wireless/b43-fwcutter-019
 * Утилита GNU для преобразования вывода программы, запущенной с параметром –help, в man-руководство sys-apps/help2man-1.47.10
 * Набор макросов для свободной утилиты autoconf sys-devel/autoconf-archive-2018.03.13
 * Library for preprocessing C compliant to ISO-C99 sys-devel/ucpp-1.3.4
 * Виртуальный пакет для языка awk virtual/awk-1
 * Виртуальный пакет для модуля CPAN-Meta virtual/perl-CPAN-Meta-2.150.10-r3
 * Виртуальный пакет для модуля CPAN-Meta-YAML virtual/perl-CPAN-Meta-YAML-0.18.0-r5
 * Виртуальный пакет для модуля ExtUtils-CBuilder virtual/perl-ExtUtils-CBuilder-0.280.231
 * Виртуальный пакет для модуля ExtUtils-Install virtual/perl-ExtUtils-Install-2.140.0-r2
 * Виртуальный пакет для модуля ExtUtils-MakeMaker virtual/perl-ExtUtils-MakeMaker-7.340.0-r2
 * Виртуальный пакет для модуля ExtUtils-Manifest virtual/perl-ExtUtils-Manifest-1.720.0
 * Виртуальный пакет для модуля ExtUtils-ParseXS virtual/perl-ExtUtils-ParseXS-3.400.0
 * Виртуальный пакет для модуля JSON-PP virtual/perl-JSON-PP-4.20.0
 * Виртуальный пакет для модуля Module-Metadata virtual/perl-Module-Metadata-1.0.36
 * Виртуальный пакет для модуля Parse-CPAN-Meta virtual/perl-Parse-CPAN-Meta-2.150.10-r3
 * Виртуальный пакет для модуля Perl-OSType virtual/perl-Perl-OSType-1.10.0-r3
 * Виртуальный пает для модуля Text-ParseWords virtual/perl-Text-ParseWords-3.300.0-r6
 * Virtual for podlators virtual/perl-podlators-4.110.0
 * Virtual package for building against PoDoFo virtual/podofo-build-0.9.6
 * Virtual ebuild for the Ruby OpenSSL bindings virtual/ruby-ssl-11
 * Виртуальный ebuild-сценарий для RubyGems virtual/rubygems-15
 * X.Org-утилита bdftopcf x11-apps/bdftopcf-1.1
 * Заголовки протоколов Bindings для языка C в оконной системе X x11-base/xcb-proto-1.14-r1

Вы хотите удалить неиспользуемые пакеты (рекомендуется)? (Yes/No):

Теперь eclean-pkg -d не помогает после удаления.
Что это и как с этим бороться?

В соседней теме та же песня.

Читал. Только это у меня уже второй раз. Первый раз в апреле было.

У меня на нескольких ПС обновления проходят “без фокусов” после правки update.py из calculate-utils.

Что выводит?
cl-core-variables-show --filter cl_update_with_bdeps

+------------------------------------+-----+------------+--------+
|             Переменная             |Режим|Расположение|Значение|
+------------------------------------+-----+------------+--------+
| update.cl_update_with_bdeps_opt_set| wb  |            | on     |
| update.cl_update_with_bdeps_set    | wb  | system     | on     |
+------------------------------------+-----+------------+--------+

На 3-х машинах-аналогично, на четвертой - auto