души крик

здравствуйте.
попытаюсь озвучить мучающие меня мысли и сомнения о системе непрерывного обновления пакетов.
знаете, сидя многие года на дистре дебиан, набирав “apt update, upgrade, dist-…”, я гарантированно получал обновления, ежели упоминаемые имелись. пару раз за 8-9 лет был отказ в апдейте, ибо тупо сервак не доступен.

пересев на сей уважаемый и надежный дистр, я уже в течение полутора лет имею неоднократные отказы, ошибки, еще какую-то лабудень при обновлении.

это мой такой вызов для понятно, что не девелоперов, а мейнтейнеров calculate.)

вот мой крайний выхлоп от cl-update(предварительно eix-sync):

ad ad # cl-update
Синхронизация репозиториев
 * Синхронизация Distros репозитория ...                                                                                                                                                                       [ ok ]
 * Синхронизация Calculate репозитория ...                                                                                                                                                                     [ ok ]
 * Синхронизация Portage репозитория ...                                                                                                                                                                       [ ok ]
!!! Found 2 make.conf files, using both '/etc/make.conf' and '/etc/portage/make.conf'
 * Синхронизация Kde репозитория ...                                                                                                                                                                           [ ok ]
 * Обновление кэша Distros репозитория ...                                                                                                                                                                     [ ok ]
 * Обновление кэша Calculate репозитория ...                                                                                                                                                                   [ ok ]
 * Обновление кэша Kde репозитория ...                                                                                                                                                                         [ ok ]
 * Обновление кэша eix ...                                                                                                                                                                                     [ ok ]
 * Updating the package setup cache ...                                                                                                                                                                        [ ok ]
 * Удаление устаревших архивов и бинарных пакетов ...                                                                                                                                                          [ ok ]
 * Синхронизация завершена
Конфигурация системы
 * Исправление настроек ...                                                                                                                                                                                    [ ok ]
 * Обновление конфигурационных файлов ...                                                                                                                                                                      [ ok ]
Проверка обновлений
 * Вычисление зависимостей ...
 * Список пакетов для установки  
 * Библиотеки для криптографических пользовательских интерфейсов и доступа к модулям PKCS#11 (rR) app-crypt/gcr-3.14.0 (888 KiB)
 * The GNU Privacy Guard, a GPL OpenPGP implementation (U) app-crypt/gnupg-2.0.28 (1822 KiB)
 * Набор простых диалогов ввода PIN или парольных фраз, использующих протокол Assuan (U) app-crypt/pinentry-0.9.5 (139 KiB)
 * Инструмент для обработки символической ссылки /usr/bin/pinentry (U) app-eselect/eselect-pinentry-0.6 (9 KiB)
 * LibreOffice, полный офисный пакет (U) app-office/libreoffice-4.4.5.2 (97189 KiB)
 * Пакеты локализации офисного пакета Libreoffice (U) app-office/libreoffice-l10n-4.4.5.2 (5571 KiB)
 * Объектно-ориентированный скриптовый язык (rR) dev-lang/ruby-2.0.0_p645 (4766 KiB)
 * Объектно-ориентированный скриптовый язык (rR) dev-lang/ruby-2.1.6-r1 (4926 KiB)
 * Автономная библиотека JavaScript для языка C (NS) dev-lang/spidermonkey-1.8.5-r4 (2761 KiB)
 * Cyrus SASL (фреймворк для предоставления аутентификации и защиты данных) (rR) dev-libs/cyrus-sasl-2.1.26-r9 (687 KiB)
 * Библитека IPC, используемая механизмами шифрования GnuPG и GPGME (U) dev-libs/libassuan-2.2.1 (115 KiB)
 * Криптографическая библиотека общего назначения, основанная на коде, используемом в GnuPG (U) dev-libs/libgcrypt-1.6.3-r4 (847 KiB)
 * Утилита с функциями обработки ошибок, используется инструментами GnuPG (U) dev-libs/libgpg-error-1.19 (190 KiB)
 * Библиотеки и утилиты XSLT (rR) dev-libs/libxslt-1.1.28-r4 (588 KiB)
 * Демон безопасного управления паролями (rR) gnome-base/gnome-keyring-3.14.0 (1354 KiB)
 * Библиотека совместимости для доступа к конфиденциальным данным (rR) gnome-base/libgnome-keyring-3.12.0 (172 KiB)
 * Пакет интернационализации KDE (U) kde-apps/kde4-l10n-4.14.3-r1 (227924 KiB)
 * Языковой пакет для персонального информационного менеджера KDE (U) kde-base/kdepim-l10n-4.14.3-r1 (23581 KiB)
 * Динамическая библиотека преобразования между растровыми форматами на уровне пикселей (U) media-libs/babl-0.1.12 (296 KiB)
 * VLC, проигрыватель видеофайлов и потокового видео (rR) media-video/vlc-2.1.5-r1 (5429 KiB)
 * Надёжное и , совместимое со многими операционными системами (U) net-misc/openvpn-2.3.8 (451 KiB)
 * Свободный клиент маршрутизации Cisco VPN (rR) net-misc/vpnc-0.5.3_p550 (112 KiB)
 * Фреймворк авторизации для управления системными привилегиями (U) sys-auth/polkit-0.113 (200 KiB)
 * Утилита для создания скриптов автоконфигурации (NS) sys-devel/autoconf-2.13 (226 KiB)
 * Утилита для генерации файлов Makefile.in из файлов Makefile.am (NS) sys-devel/automake-1.14.1 (743 KiB)
 * Система управления базами данных Berkeley DB (разработчик Oracle) (NS) sys-libs/db-6.0.35 (7053 KiB)
 * Мандаты доступа POSIX 1003.1e (U) sys-libs/libcap-2.24-r2 (80 KiB)
 * 27 пакетов будет установлено, 388107 KiB будет загружено

Вы хотите установить эти пакеты? (Yes/No): 
Обновление пакетов
 * Вычисление зависимостей ...                                                                                                                                                                                 [ ok ]
 * Получение бинарных пакетов ...                                                                                                                                                                              [ ok ]
 * (1 из 27) Система управления базами данных Berkeley DB (разработчик Oracle)
 * Сборка sys-libs/db-6.0.35 ...                                                                                                                                                                               [ ok ]
 * (2 из 27) Утилита с функциями обработки ошибок, используется инструментами GnuPG
 * Сборка dev-libs/libgpg-error-1.19 ...                                                                                                                                                                       [ ok ]
 * (3 из 27) Библитека IPC, используемая механизмами шифрования GnuPG и GPGME
 * Сборка dev-libs/libassuan-2.2.1 ...                                                                                                                                                                         [ ok ]
 * (4 из 27) Криптографическая библиотека общего назначения, основанная на коде, используемом в GnuPG
 * Сборка dev-libs/libgcrypt-1.6.3-r4 ...                                                                                                                                                                      [ ok ]
 * Установка dev-libs/libassuan-2.2.1 [2.1.1] ...                                                                                                                                                              [ ok ]
 * (5 из 27) Автономная библиотека JavaScript для языка C
 * Сборка dev-lang/spidermonkey-1.8.5-r4 ...                                                                                                                                                                   [ ok ]
 * Установка dev-libs/libgpg-error-1.19 [1.13] ...                                                                                                                                                             [ ok ]
 * (6 из 27) Динамическая библиотека преобразования между растровыми форматами на уровне пикселей
 * Сборка media-libs/babl-0.1.12 ...                                                                                                                                                                           [ ok ]
 * Установка sys-libs/db-6.0.35 [4.8.30-r2] ...                                                                                                                                                                [ ok ]
 * (7 из 27) Утилита для генерации файлов Makefile.in из файлов Makefile.am
 * Сборка sys-devel/automake-1.14.1 ...                                                                                                                                                                        [ ok ]
 * Установка dev-libs/libgcrypt-1.6.3-r4 [1.5.4-r1] ...                                                                                                                                                        [ ok ]
 * (8 из 27) Мандаты доступа POSIX 1003.1e
 * Сборка sys-libs/libcap-2.24-r2 ...                                                                                                                                                                          [ ok ]
 * (9 из 27) Надёжное и , совместимое со многими операционными системами
 * Сборка net-misc/openvpn-2.3.8 ...                                                                                                                                                                           [ ok ]
 * (10 из 27) Cyrus SASL (фреймворк для предоставления аутентификации и защиты данных)
 * Сборка dev-libs/cyrus-sasl-2.1.26-r9 ...                                                                                                                                                                    [ ok ]
 * Установка dev-lang/spidermonkey-1.8.5-r4 [17.0.0-r4] ...                                                                                                                                                    [ ok ]
 * Установка media-libs/babl-0.1.12 [0.1.10-r1] ...                                                                                                                                                            [ ok ]
 * Установка sys-devel/automake-1.14.1 [1.11.6-r1] ...                                                                                                                                                         [ ok ]
 * (11 из 27) Утилита для создания скриптов автоконфигурации
 * Сборка sys-devel/autoconf-2.13 ...                                                                                                                                                                          [ ok ]
 * (12 из 27) Пакеты локализации офисного пакета Libreoffice
 * Сборка app-office/libreoffice-l10n-4.4.5.2 ...                                                                                                                                                              [ ok ]
 * (13 из 27) Библиотеки и утилиты XSLT
 * Сборка dev-libs/libxslt-1.1.28-r4 ...                                                                                                                                                                       [ ok ]
 * (14 из 27) Инструмент для обработки символической ссылки /usr/bin/pinentry
 * Сборка app-eselect/eselect-pinentry-0.6 ...                                                                                                                                                                 [ ok ]
 * (15 из 27) Свободный клиент маршрутизации Cisco VPN
 * Сборка net-misc/vpnc-0.5.3_p550 ...                                                                                                                                                                         [ ok ]
 * Установка sys-libs/libcap-2.24-r2 [2.22-r2] ...                                                                                                                                                             [ ok ]
 * Установка net-misc/openvpn-2.3.8 [2.3.7] ...                                                                                                                                                                [ ok ]
 * (16 из 27) Объектно-ориентированный скриптовый язык
 * Сборка dev-lang/ruby-2.0.0_p645 ...                                                                                                                                                                         [ ok ]
 * (17 из 27) Объектно-ориентированный скриптовый язык
 * Сборка dev-lang/ruby-2.1.6-r1 ...                                                                                                                                                                           [ ok ]
 * (18 из 27) Набор простых диалогов ввода PIN или парольных фраз, использующих протокол Assuan
 * Сборка app-crypt/pinentry-0.9.5 ...                                                                                                                                                                         [ ok ]
 * Установка dev-libs/cyrus-sasl-2.1.26-r9 ...                                                                                                                                                                 [ ok ]
 * (19 из 27) The GNU Privacy Guard, a GPL OpenPGP implementation
 * Сборка app-crypt/gnupg-2.0.28 ...                                                                                                                                                                           [ ok ]
 * (20 из 27) Библиотеки для криптографических пользовательских интерфейсов и доступа к модулям PKCS#11
 * Сборка app-crypt/gcr-3.14.0 ...                                                                                                                                                                             [ ok ]
 * Установка sys-devel/autoconf-2.13 [2.69] ...                                                                                                                                                                [ ok ]
 * Установка dev-libs/libxslt-1.1.28-r4 ...                                                                                                                                                                    [ ok ]
 * Установка app-eselect/eselect-pinentry-0.6 [0.4] ...                                                                                                                                                        [ ok ]
 * (21 из 27) Демон безопасного управления паролями
 * Сборка gnome-base/gnome-keyring-3.14.0 ...                                                                                                                                                                  [ ok ]
 * (22 из 27) Библиотека совместимости для доступа к конфиденциальным данным
 * Сборка gnome-base/libgnome-keyring-3.12.0 ...                                                                                                                                                               [ ok ]
 * (23 из 27) VLC, проигрыватель видеофайлов и потокового видео
 * Сборка media-video/vlc-2.1.5-r1 ...                                                                                                                                                                         [ ok ]
 * (24 из 27) Фреймворк авторизации для управления системными привилегиями
 * Сборка sys-auth/polkit-0.113 ...                                                                                                                                                                            [ ok ]
 * (25 из 27) Пакет интернационализации KDE
 * Сборка kde-apps/kde4-l10n-4.14.3-r1 ...                                                                                                                                                                     [ ok ]
 * Установка app-office/libreoffice-l10n-4.4.5.2 [4.4.4.3] ...                                                                                                                                                 [ ok ]
 * Установка net-misc/vpnc-0.5.3_p550 ...                                                                                                                                                                      [ ok ]
 * (26 из 27) Языковой пакет для персонального информационного менеджера KDE
 * Сборка kde-base/kdepim-l10n-4.14.3-r1 ...                                                                                                                                                                   [ ok ]
 * (27 из 27) LibreOffice, полный офисный пакет
 * Сборка app-office/libreoffice-4.4.5.2 ...                                                                                                                                                                   [ ok ]
 * Установка dev-lang/ruby-2.1.6-r1 ...                                                                                                                                                                        [ ok ]
 * Установка dev-lang/ruby-2.0.0_p645 ...                                                                                                                                                                      [ ok ]
 * Установка app-crypt/pinentry-0.9.5 [0.9.0] ...                                                                                                                                                              [ ok ]
 * Установка app-crypt/gcr-3.14.0 ...                                                                                                                                                                          [ ok ]
 * Установка app-crypt/gnupg-2.0.28 [2.0.26-r3] ...                                                                                                                                                            [ ok ]
 * Установка gnome-base/libgnome-keyring-3.12.0 ...                                                                                                                                                            [ ok ]
 * Установка gnome-base/gnome-keyring-3.14.0 ...                                                                                                                                                               [ ok ]
 * Установка sys-auth/polkit-0.113 [0.112-r3] ...                                                                                                                                                              [ ok ]
 * Установка media-video/vlc-2.1.5-r1 ...                                                                                                                                                                      [ ok ]
 * Установка app-office/libreoffice-4.4.5.2 [4.4.4.3] ...                                                                                                                                                      [ ok ]
 * Установка kde-base/kdepim-l10n-4.14.3-r1 [4.14.3] ...                                                                                                                                                       [ ok ]
 * Установка kde-apps/kde4-l10n-4.14.3-r1 [4.14.3] ...                                                                                                                                                         [ ok ]
 *      /usr/share/locale/nl/LC_MESSAGES/libkpimidentities.mo
 *      /usr/share/locale/nl/LC_MESSAGES/libkpimtextedit.mo
 *      /usr/share/locale/nl/LC_MESSAGES/libkxmlrpcclient.mo
 *      /usr/share/locale/nl/LC_MESSAGES/libmailtransport.mo
 * 
 * Package 'kde-base/kdepim-l10n-4.14.3-r1' NOT merged due to file
 * collisions. If necessary, refer to your elog messages for the whole
 * content of the above message.

 * Сообщения для пакета app-office/libreoffice-4.4.5.2:

 * If you plan to use lbase application you should enable java or you will get various crashes.

 * Regenerating GNU info directory index...
 * Processed 144 info files.

!!! existing preserved libs:
/var/db/pkg/net-im/viber-9999-r9999/NEEDED.ELF.2: $: bad substitution
>>> package: dev-libs/libgcrypt-1.6.3-r4
 *  - /usr/lib64/libgcrypt.so.11
 *  - /usr/lib64/libgcrypt.so.11.8.3
 *      used by /usr/lib64/libktorrent.so.5.0.1 (net-libs/libktorrent-1.3.1)
 *      used by /usr/lib64/libkwalletbackend.so.4.14.8 (kde-apps/kwalletd-4.14.3-r2)
Use emerge @preserved-rebuild to rebuild packages using these libraries

 * IMPORTANT: 5 config files in '/usr/share/config' need updating.
 * See the CONFIGURATION FILES section of the emerge
 * man page to learn how to update config files.

 * Use eselect news read to view new items.
 * Выполнение Emerge завершилось с ошибкой
 * Не удалось обновить

Первое предупреждение первое было вызвано тем, что вы продолжаете использовать /etc/make.conf одновременно с новыми путями. Перенесите свои настройки в /etc/portage/make.conf и портежи перестанут ругаться. В конце лога предупреждение вызвано установленным ebuild-ом из стороннего оверлея к тому же из четырёх девяток, это крайне нестабильная версия пакета с минимумом проверок в самом ebuild-е. В подключенном вами репозитории “kde” нет пакета viber. Т.е. вы его установили, затем отключили оверлей и теперь имеете проблемы. Я вижу, что вы продолжаете использовать KDE4, тогда зачем вам оверлей kde в котором обкатываются новые возможности kde5? Если вы привыкли к стабильности, это не лучшее решение.

kde оверлей подключен при данном обновлении.
было - отключал его на время ранее.

На протяжении нескольких лет дистрибутивы обновляются и собирают бинарные пакеты без ручного вмешательства, cl-update-ом. Сейчас за это отвечают три дистрибутива с расширенным составом пакетов. Если вы что-либо меняете в системе (/etc/portage/*), размаскировываете и ставите пакеты из исходников, в т.ч. из сторонних оверлеев и нестабильные из 9999, вы должны понимать, что блокировки нужно уметь решать самостоятельно. Утилита cl-update не волшебная. Задача для неё действительно сложная и в начале мы хотели вообще ограничить её обновлением исключительно бинарных пакетов.