Проблем с обновлением системы и заисимостями

Около полугода не обновлял систему, а тут решил.
Но столкнулся с такой проблемой

!!! Multiple package instances within a single package slot have been pulled
!!! into the dependency graph, resulting in a slot conflict:

media-libs/freetype:2

  (media-libs/freetype-2.4.11::gentoo, installed) pulled in by
    (no parents that aren't satisfied by other packages in this slot)

  (media-libs/freetype-2.4.11::gentoo, ebuild scheduled for merge) pulled in by
    media-libs/freetype[abi_x86_32(-)?,abi_x86_64(-)?,abi_x86_x32(-)?,abi_mips_n32(-)?,abi_mips_n64(-)?,abi_mips_o32(-)?] required by (x11-libs/libXft-2.3.1-r1::gentoo, ebuild scheduled for merge)
    >=media-libs/freetype-2.2.1[abi_x86_32(-)?,abi_x86_64(-)?,abi_x86_x32(-)?,abi_mips_n32(-)?,abi_mips_n64(-)?,abi_mips_o32(-)?] required by (media-libs/fontconfig-2.10.92::gentoo, ebuild scheduled for merge)

x11-proto/xextproto:0

  (x11-proto/xextproto-7.2.1-r1::gentoo, ebuild scheduled for merge) pulled in by
    (no parents that aren't satisfied by other packages in this slot)

  (x11-proto/xextproto-7.3.0::gentoo, ebuild scheduled for merge) pulled in by
    >=x11-proto/xextproto-7.2.99.901 required by (x11-base/xorg-server-1.15.0::gentoo, ebuild scheduled for merge)

media-libs/mesa:0

  (media-libs/mesa-9.2.5::gentoo, ebuild scheduled for merge) pulled in by
    >=media-libs/mesa-9.2.0[nptl=] required by (x11-base/xorg-server-1.15.0::gentoo, ebuild scheduled for merge)

  (media-libs/mesa-9.1.6::gentoo, ebuild scheduled for merge) pulled in by
    (no parents that aren't satisfied by other packages in this slot)

и т.д. и т.п.

Особенно волнует вот эта фраза “no parents that aren’t satisfied by other packages in this slot”
Такое ощущение, что навернулись какие-то связи и установленные пакеты потеряли от кого они зависят.
Кто-нибудь сталкивался с подобным и что с этим можно сделать?

Удалять и потом заново устанавливать пакеты не хотелось бы, т.к. компьютер всегда в работе и не хотелось бы что-бы что-то отвалилось до плановой перезагрузки.

Для начала узнать, чем притягиваются пакеты с предупреждением “no parents that aren’t satisfied by other packages in this slot”

Потом замаскировать, поместив их в файл /etc/portage/package.mask/custom в формате:

=<категория>/<пакет>-<версия>