Можно ли осуществить такое - установить лишь один пакет из чужого репозитория, при этом чтобы никак не затронуло родной. И еще - можно немного рассказать об устройстве этих самых оверлеев, портажей в gentoo (calculate) linux?
В gentoo (а значит и calculate) нет понятия репозитарий, а оверлеи - считай расширяют количество ebuild-ов для одних и тех же или разных пакетов.
Ebuild - по сути сценарий сборки, считай следующий уровень над Makefile.
Так что, само собой - можно установить лишь один пакет из оверлея.
Если же вы не хотите устанавливать оверлей (к примеру некоторые оверлеи могут подменять системные пакеты, а вам этого не хочется), то вы можете добавить оверлей в систему, скопировать нужный пакет из него в локальный оверлей (как его создать вы можете почитать тут а вообще - почитайте всю эту документацию) и удалить тот оверлей, который минуту назад добавляли.
Учтите только, что некоторые пакеты тянут за собой зависимости из этого же оверлея. К примеру, чтоб скопировать из оверлея sunrise в локальный оверлей пакет app-accessibility/onboard , туда же(и оттуда же) придется копировать пакет dev-python/python-virtkey.
Также некоторые пакеты предоставляют eclass-ы. Это некая аналогия библиотек функций импортируемых ebuild-ами для упрощения написания самого ebuild-а. В случае если ваш пакет имеет такую зависимость - eclass придется также копировать (ну и само собой те eclass-ы от которых зависит ваш).