Можно ли с помощью утилит собрать ISO образ рабочего CLD с добавленными пакетами не пересобирая его?
Конечно, може даже не устанавливая на жесткий диск, воспользовавшись флешкой от 4 Гб. Можно прямо на DVD поменять софт и создать новый ISO образ. Инструкция здесь.
Если правильно понял, то, по инструкции, нужно сначала установить дистрибутив с опцией build, затем зайти в окружение с помощью cl-builder, все настроить и затем сгенерить образ. Но, к сожалению, дистрибутив был установлен без опции build. Теперь все шаги надо проделывать заново?
Да, конечно. Режим Builder позволяет изолированно держать образ. Все изменения, которые Вы производите с системой не затрагивают изменения в модифицируемом образе.