походу здесь только ебилд править и надеяться что при генерации Манифеста бинарь по контрольным суммам пройдёт
(но может и прокатит сделать /etc/portage/package.env директорией а внутрь уже файлик)
Из /etc/portage/package.env - Gentoo wiki сработал вариант Amend an ebuild function, я ранее другие варианты с этой страницы пробовал, но они, похоже, всё для для других переменных - флагов компилации и т.п.
И этот вариант пробовал без указания версии пакета, т.е. создавал файл /etc/portage/env/type/name вместо /etc/portage/env/type/name-1.23 .