Быстро кончается место в корневом разделе

Простите, не посмотрел рисунок.
В вашем случае, по-моему, Вы изначально мало выделили места под /.
В данном случае, как вариант, можно добавить еще один жесткий и разместить на нем swap, / и /boot/efi. /dev/sdb5 примонтировать в /var/calculate без форматирования, и /home в /var/calculate/home без форматирования. Все ваши настройки сохраняться, НО:

  • программы придется заново собрать/установить,
  • разметку диска при установке придется выполнять в ручную.