Что-то я не нашел, куда запостить баг 
sys-apps/calculate-utils версий 3.7.8.5-r1, 3.7.8.6-r1 тянут за собой пакет dev-python/legacy-cgi, который несовместим с <dev-lang/python-3.13
Из-за этого невозможно при активных версиях Python ниже 3.13 обновить пакеты.
Чтобы исправить ситуацию достаточно заменить в ебилде строку
dev-python/legacy-cgi[${PYTHON_USEDEP}]
на такую:
$(python_gen_cond_dep 'dev-python/legacy-cgi[${PYTHON_USEDEP}
]' python3_{13,14})
с учетом того, что в данный момент portage разрешает python вплоть до версии 3.14, тут пришлось использовать хардкод и явно указать версии 13 и 14. За этим в будущем нужно будет проследить, чтобы снова всё не сломалось.
UPD
Здесь уже упоминали об этой проблеме. Но для меня не подходит просто удалить старые версии python. Поэтому предлагаю такое решение )