Fuente: https://rootsudo.wordpress.com/2015/04/26/sync-el-servidor-rsync-sale-fuera-del-make-conf/
A partir de la versión de Portage 2.2.16, la configuración del servidor rsync que contiene la URI para la actualización del árbol de Portage, sale fuera del archivo /etc/make.conf donde estaba antes en una línea con este formato:
SYNC=“rsync://rsync.gentoo.org/gentoo-portage”
a partir de ahora se utilizará un sistema más limpio, flexible y potente para organizar, configurar y seleccionar los repositorios de Gentoo. Tanto los del árbol principal de Portage, como para los overlays de Layman y overlays locales.
Nuevo sistema:
creamos el nuevo directorio repos.conf:
sudo mkdir /etc/portage/repos.conf
y para mantener la configuración estandar de Gentoo tan sólo es necesario hacer:
sudo cp /usr/share/portage/config/repos.conf /etc/portage/repos.conf/gentoo.conf
con lo que en /etc/portage/repos.conf/ tendremos un nuevo archivo de configuración repos.conf con este aspecto:
[DEFAULT]
main-repo = gentoo
[gentoo]
location = /usr/portage
sync-type = rsync
sync-uri = rsync://rsync.gentoo.org/gentoo-portage
auto-sync = yes
Tal y como vemos, tenemos la localización del árbol de Portage en el sistema, el tipo de sincro, puede ser: rsync, git (repo git), svn (repo subversion), webrsync (emerge-webrsync), cvs y laymansync (layman overlays). Lógicamente también aparece la URI del servidor y se puede determinar si por defecto se sincronizará ese repo o no.
La URI principal tal y como vemos es:
# Default: “rsync://rsync.gentoo.org/gentoo-portage”
pero tenemos más opciones:
# rotación: “rsync.us.gentoo.org/gentoo-portage”
# una URI de rotación de Gentoo que permite distribuir la carga de servidores rsync para optimizarlos.
o servidores por zonas geográficas, puedes elegir el que tengas más cerca:
# Europe: “rsync://rsync.europe.gentoo.org/gentoo-portage”
# South America: “rsync://rsync.samerica.gentoo.org/gentoo-portage”
# North America: “rsync://rsync.namerica.gentoo.org/gentoo-portage”
# Asia: “rsync://rsync.asia.gentoo.org/gentoo-portage”
# Australia: “rsync://rsync.au.gentoo.org/gentoo-portage”
Pues ya podemos eliminar la línea SYNC de nuestro archivo /etc/make.conf (si no lo hacemos Portage (>2.2.16) se quejará a la primera oportunidad que tenga a través de emerge, ya sabéis que Portage es muy parlanchín 
).
Tal y como hemos dicho, la nueva configuración también afecta a los overlays de Layman y a los overlays locales, mediante un archivo /etc/portage/repos.conf/layman.conf y /etc/portage/repos.conf/overlay-local.conf pero como esto supone una actualización de Layman y Overlays Locales, lo trataremos en otra entrada próximamente.
más información (en inglés):