Использование SquidGuard в CDS

Хочу уточнить если в сети поднят домен на cds, и настроен dns сервер, при помощи SquidGuard можно ли ограничить пользователей по группам в домене.

Или нужно настраивать обращение к прокси серверу на каждой машине?

Вы можете настроить Squid при помощи серверных утилит cl-setup proxy и там уже добавить пользователей. Группы Unix не играют в данном случае никакой роли.