Илья, дайте больше информации. Какие ошибки возникают? В чём заключается неработоспособность сайта? Что за сайт в конце концов: самописный или сторонний движок?
apache2/error_log
PHP Notice: Undefined index: install_lang in /var/www/localhost/htdocs/ams/install/index.php on line 17
File does not exist: /var/www/localhost/htdocs/favicon.ico, referer: http://*.*.*.*/ams/
В конфигурационном файле у php (/etc/php/apache2-php5.*/php.ini) посмотрите значение параметра short_open_tag. Если установлено значение Off, поменяйте на On и попробуйте так.
В данном случае, это не проблема php, а проблема движка, который написан с незначительными ошибками. Просто отображение их включено в системе по умолчанию (в Убунту, видимо выключено).
Отключить вывод ошибок в браузер можно тремя способами:
В индексном php-файле (в самом начале) написать:
ini_set(‘display_errors’, 0);
2. В корень сайта положить файл .htaccess со следующим содержимым: