ставлю mkvtoolnix. Но он почему-то савится без gui (или я его не могу запустить).
[I] media-video/mkvtoolnix
Available versions: 8.5.2 ~8.6.1 {curl debug pch qt5 test}
Installed versions: 8.5.2(17:52:09 04.01.2016)(-curl -debug -pch -qt5 -test)
Homepage: http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix
Description: Tools to create, alter, and inspect Matroska files