Я не видел ни одного начальника, который бы засовывал свой нос в реестр windows
Сравнение уместно.
Вам очень повезло. :lol: Я даже помню одного, который додумался начать удалять ключи из реестра и…слабонервных просьба не читать…вставил туда кучу ключей непонятного характера. :lol: На мой вопрос “зачем?” ответил довольно разумно (как ему казалось) для человека, который хочет сэкономить деньги на системном администраторе. Как итог, пришлось платить ещё больше, но факт остаётся. Хоть это к теме не относится, но тем не менее юзерам требуются знакомые названия ибо порою их смена имени рабочей группы просто вводит в ступор, несмотря на то, что всё осталось по прежнему кроме собственно имени группы. 
Если бы в openldap можно было строить несколько конревых веток, я бы согласился. Но даже в этом случае calculate2 бы работал с одной, своей веточкой…
Задача:
Возьмём за пример парк машин эдак в 300. Надо разделить на офисы по 100 машин. Все подключены к паре свитчей связанных между собой, дабы можно было получить файлы и т.п. из соседнего офиса без проблем. В целях экономии на 3 сервера с LDAP были выделены слабые машины которые тянут максимум 1 офис. Что делать тогда? Тут и сами клиентские машины запутаются к какому из calculate`ов подключаться! 
А когда фирма меняет название или название и форму собственности? Такое бывает довольно часто. Как быть?
С точки зрения эстетики на мой взгляд правильней чтобы ветка называлась по названию утилит. А вот применять к ней название компании, в то время как оно здесь абсолютно ничего не означает - вводит в некое заблуждение. Не стоит путать с “workgroup” в samba, ее по крайней мере все видят.
Брендами компании редко раскидываются особенно хорошо раскрученными. Форма собственности в данном случае не причём.
Вот лично я когда обслуживаю в компании разом несколько офисов, то я даю отдельные имена разным отделам, дабы если у кого-то что-то сломается, я мог спросить у пользователя какой из офисов у него и мгновенно вспомню что я там делал.
На мой взгляд лучше называть ветку не по названию утилит, а по какому-то характерному признаку (подразделение, название компании или филиала и т.п.).
Кстати можно завязать так же имя ветки не на имени хоста сервера, а сделать возможным его вводить при настройке ldap или samba. А чтоб не забыть как назвали можно добавить в hosts в конец имени хоста, как рабочую группу (например, central.FLASHASIA). Можно так же хранить в отдельном файле, таким образом и волки сыты и овцы целы.
Непосредственно в программе. Заменить все места, где идут прямые обращения и заменить на использование переменной.
Если это возможно, так почему бы не поставить в установку?
Просто Вы на самом деле больше на этой теме времени потратили, чем потребовалось бы дописать кода (если конечно на этой переменной ничего не завязано).