После каждого обновления системы или после некоторых перезагрузок системы (точную причину пока не отследил) права на папку /home/user изменяются на дефолтные (700).
Шаблон изменим. При следующем обновлении меняться не будет. Правильней и гибче для этих целей использовать ACL.
Спасибо!
Буду разбираться с ACL.