чего то я не понял, почему изменяя grub.conf менюшка grub-а не подвергается изменениям?! где теперь прячутся настройки?
В grub.conf - настройки первого Grub. Скорей всего у Вас используется Grub 2.
так точно. и все настройки лежат не в grub.conf, а в grub.cfg