Обновление снесло файлы в etc

Обновление снесло etc/conf.d/samba, etc/conf.d/hostname, etc/syslog-ng/syslog-ng.conf etc/sudoers
оставив вместо них файлы нулевого размера.
Возможно что-то ещё было снесено, пока разбираюсь.

Вообще, что это такое было и как с ним бороться?
Причём 24 августа обновлял всё было нормально.

Хорошо что бэкапы делаю, но как-то так оно внезапно.

UPD. Просто замечательное обновление. На домашней машине снесло все настройки аудио:

moonbow /etc # cl-setup-audio --card list
Звуковая карта по умолчанию:
  [none]  Не доступно *
moonbow /etc # cl-setup-audio --audio list
Звуковая система:
  [alsa]        ALSA
  [pulseaudio]  PulseAudio *

Я уже писал здесь про это. Единственный выход - запретить автоматическое изменение файлов конфигурации. Тогда можно контролировать то, какие изменения разрешать при обновлении, а какие нет.

Кстати, а где это делается?