Сейчас режим автообновления выключен. Выключен он будет и в следующей версии дистрибутива. Установщик новый и предстоит еще какое-то время потратить на то, чтобы его протестировать и написать достаточно материалов для пояснения работы с шаблонами. Тем не менее пробовать уже можно и результат получается довольно интересный.
Что касается файлов /etc/make.conf и /boot/grub/grub.conf.
make.conf имеет сложный bash-подобный формат. Шаблонами его парсить довольно сложно, разве что через формат “patch”, либо “raw” (дописывая или переписывая содержимое при установке). В 10.9 он ошибочно прописан в разделе “merge”, что приведет к его переписыванию при первом же обновлении пакета portage. В обновлении calculate-templates 2.2.1 шаблон уже будет перенесён в раздел “system”, конфиг будет формироваться только при установке системы, т.е. один раз.
grub.conf по аналогии с make.conf создаётся шаблоном из раздела “system” на этапе установки системы. И обновляется в дальнейшем мета-пакетом дистрибутива при смене версии. Формат его не поддерживается, т.к. в этом нет необходимости. В будущем перейдем на grub2, там все будет по другому.