!! Repository 'custom' is missing masters attribute in '/var/calculate/custom-overlay/metadata/layout.conf'
!!! Set 'masters = gentoo' in this file for future compatibility
Local copy of remote index is up-to-date and will be used.
WARNING: One or more repositories have missing repo_name entries:
/var/calculate/custom-overlay/profiles/repo_name
NOTE: Each repo_name entry should be a plain text file containing a
unique name for the repository on the first line.
Создать файлы, заполнить предложенным текстом. Или удалить этот оверлей: #eselect repository remove custom
Странно, что они не создались сами при переходе с layman на eselect repository.
У меня всё создалось само.