При использовании бинарного профиля иногда возникает необходимость собрать некоторые пакеты с другими флагами. Однако в процессе обновления будут установлены бинарные пакеты собранные с флагами по умолчанию для системы. Тем не менее выход есть:
# nano /etc/make.conf
В переменную EMERGE_DEFAULT_OPTS добавляем --binpkg-respect-use y.
Например:
EMERGE_DEFAULT_OPTS="$EMERGE_DEFAULT_OPTS --binpkg-respect-use y"
Подробнее про эту опцию можно посмотреть здесь.