Предлагаю установить по умолчанию следующие опции emerge (в EMERGE_DEFAULT_OPTS) в профилях calculate.
–rebuild-if-new-slot y:
Для облегчения попаболи, когда обновляемые пакеты - зависимости с фиксацией по под-слоту (чем-то вроде “:=” или “:N=”) пакетов, которые по-другому не пересобираются.
До этого я боролся с этим, перечисляя все эти пакеты после “@world” (обязательно добавив “-1” к опциям).
https://bugs.gentoo.org/608158
–verbose-conflicts:
Когда конфликты неизбежно появляются, лучше, чтоб они были все на виду без повторного запуска emerge (в моём случае это долгий процесс).
По поводу первого - уже высказал на bgo. Проблему подтвердили, а про опцию не догадались.