Не удаётся обновить CLD

# cl-update -v
Синхронизация репозиториев
 * Проверка текущего сервера обновлений ...                                                                                                                [ ok ]
 * Проверка обновлений Distros ...                                                                                                                         [ ok ]
 * Проверка обновлений Calculate ...                                                                                                                       [ ok ]
 * Проверка обновлений Gentoo ...                                                                                                                          [ ok ]
 * Синхронизация завершена
Конфигурация системы
 * Сервер обновлений https://mirror.yandex.ru/calculate
Обновление пакетов
 * Вычисление зависимостей ...                                                                                                                             [ ok ]

[blocks b      ] <dev-qt/qtimageformats-5.14.0:5 ("<dev-qt/qtimageformats-5.14.0:5" is blocking dev-qt/qtgui-5.14.1-r3)

[blocks b      ] <dev-qt/qtsvg-5.14.0:5 ("<dev-qt/qtsvg-5.14.0:5" is blocking dev-qt/qtgui-5.14.1-r3)

[blocks b      ] <dev-qt/qtvirtualkeyboard-5.14.0:5 ("<dev-qt/qtvirtualkeyboard-5.14.0:5" is blocking dev-qt/qtgui-5.14.1-r3)

[blocks b      ] <dev-qt/qtwayland-5.14.0:5 ("<dev-qt/qtwayland-5.14.0:5" is blocking dev-qt/qtgui-5.14.1-r3)
[binary  N     ] app-eselect/eselect-opengl-1.3.1-r4::gentoo  26 KiB
[ebuild   R    ] media-libs/mesa-19.3.5::gentoo  USE="X classic dri3 egl gallium gbm gles2 llvm lm-sensors opencl vaapi vdpau vulkan wayland xa xvmc -d3d9 -debug -gles1 -libglvnd* -osmesa -pax_kernel (-selinux) -test -unwind -valgrind -vulkan-overlay" ABI_X86="32 (64) (-x32)" VIDEO_CARDS="i915 i965 intel nouveau radeon radeonsi (-freedreno) -iris (-lima) (-panfrost) -r100 -r200 -r300 -r600 (-vc4) -virgl (-vivante) -vmware" 0 KiB
[ebuild   R    ] x11-base/xorg-server-1.20.7:0/1.20.7::gentoo  USE="ipv6 kdrive suid udev wayland xorg xvfb -debug -dmx -doc -elogind -libglvnd* -libressl -minimal (-selinux) -static-libs (-systemd) -unwind -xcsecurity -xephyr -xnest" 0 KiB

[ebuild   R    ] x11-drivers/nvidia-drivers-440.59:0/440::gentoo  USE="X acpi compat driver gtk3 kms multilib tools uvm -libglvnd* -static-libs -wayland" ABI_X86="32 (64) (-x32)" 0 KiB
[blocks B      ] x11-drivers/nvidia-drivers[-libglvnd(-)] ("x11-drivers/nvidia-drivers[-libglvnd(-)]" is hard blocking x11-base/xorg-server-1.20.7)
[blocks B      ] app-eselect/eselect-opengl ("app-eselect/eselect-opengl" is blocking x11-base/xorg-server-1.20.7, media-libs/mesa-19.3.5, x11-drivers/nvidia-drivers-440.59)
 * 161 пакетов будет установлено, 665553 KiB будет загружено
It may be possible to solve this problem by using package.mask to
prevent one of those packages from being selected. However, it is also
possible that conflicting dependencies exist such that they are
impossible to satisfy simultaneously.  If such a conflict exists in
the dependencies of two different packages, then those packages can
not be installed simultaneously. You may want to try a larger value of
the --backtrack option, such as --backtrack=30, in order to see if
that will solve this conflict automatically.

For more information, see MASKED PACKAGES section in the emerge man
page or refer to the Gentoo Handbook.

 * Error: The above package list contains packages which cannot be
 * installed at the same time on the same system.

  (x11-drivers/nvidia-drivers-440.59:0/440::gentoo, ebuild scheduled for merge) pulled in by
x11-drivers/nvidia-drivers required by @custom 
x11-drivers/nvidia-drivers required by (x11-base/xorg-drivers-1.20-r1:0/0::gentoo, installed) USE="" ABI_X86="(64)" INPUT_DEVICES="evdev keyboard libinput mouse synaptics -elographics -joystick -vmmouse -void -wacom" VIDEO_CARDS="amdgpu fbdev i915 i965 intel nouveau nv nvidia radeon radeonsi vesa virtualbox -ast -dummy (-freedreno) (-geode) -glint -mga (-omap) -qxl -r128 -siliconmotion (-tegra) (-vc4) -via -vmware"
>=x11-drivers/nvidia-drivers-390.25[abi_x86_32(-)?,abi_x86_64(-)?,abi_x86_x32(-)?,abi_mips_n32(-)?,abi_mips_n64(-)?,abi_mips_o32(-)?,abi_riscv_lp64d(-)?,abi_riscv_lp64(-)?,abi_s390_32(-)?,abi_s390_64(-)?] (>=x11-drivers/nvidia-drivers-390.25[abi_x86_32(-),abi_x86_64(-)]) required by (media-libs/nv-codec-headers-9.0.18.1:0/0::gentoo, installed) USE="" ABI_X86="32 (64) (-x32)"
x11-drivers/nvidia-drivers required by @selected 

  (app-eselect/eselect-opengl-1.3.1-r4:0/0::gentoo, binary scheduled for merge) pulled in by
>=app-eselect/eselect-opengl-1.3.0 required by (media-libs/mesa-19.3.5:0/0::gentoo, ebuild scheduled for merge) USE="X classic dri3 egl gallium gbm gles2 llvm lm-sensors opencl vaapi vdpau vulkan wayland xa xvmc -d3d9 -debug -gles1 -libglvnd -osmesa -pax_kernel (-selinux) -test -unwind -valgrind -vulkan-overlay" ABI_X86="32 (64) (-x32)" VIDEO_CARDS="i915 i965 intel nouveau radeon radeonsi (-freedreno) -iris (-lima) (-panfrost) -r100 -r200 -r300 -r600 (-vc4) -virgl (-vivante) -vmware"
>=app-eselect/eselect-opengl-1.3.0 required by (x11-base/xorg-server-1.20.7:0/1.20.7::gentoo, ebuild scheduled for merge) USE="ipv6 kdrive suid udev wayland xorg xvfb -debug -dmx -doc -elogind -libglvnd -libressl -minimal (-selinux) -static-libs (-systemd) -unwind -xcsecurity -xephyr -xnest" ABI_X86="(64)"
>=app-eselect/eselect-opengl-1.0.9 required by (x11-drivers/nvidia-drivers-440.59:0/440::gentoo, ebuild scheduled for merge) USE="X acpi compat driver gtk3 kms multilib tools uvm -libglvnd -static-libs -wayland" ABI_X86="32 (64) (-x32)"

For more information about Blocked Packages, please refer to the following
section of the Gentoo Linux x86 Handbook (architecture is irrelevant):

https://wiki.gentoo.org/wiki/Handbook:X86/Working/Portage#Blocked_packages
 * Выполнение Emerge завершилось с ошибкой
 * Не удалось обновить

Объясните, кто знает как решить проблему. Обычно я удаляю пакет, который блокирует обновление, или маскирую его. Тут не получается. Нельзя же удалить Иксы. Если только зайти под init 1 и удалить драйвера nvidia?
В общем, помогите решить проблему.

Попробуй установить для дров нвидии флаг libglvnd, именно его отсутствие и блокирует обновление Х-ов.

Если Иксам не хватает libglvnd, то он должен сам их потребовать к установке. В строке USE Иксы указывают на то, что они требуют исключить libglvnd. поэтому и стоит -libglvnd*.
На всякий случай попробовал вручную установил libglvnd и запустил вновь cl-update. Ситуация та же.

Нужно удалить x11-drivers/nvidia-drivers так как наличие его в системе не даёт установить x11-base/xorg-server[-libglvnd]. После обновления пакет nvidia можно вернуть.

Всё равно не обновляется. Теперь встало на libva.
libva требует libglvnd.
mesa требует libva но также не устанавливается, если в системе установен libglvnd.

# equery depends libva
 * These packages depend on libva:
media-libs/mesa-19.3.5 (vaapi ? >=x11-libs/libva-1.7.3[abi_x86_32(-)?,abi_x86_64(-)?,abi_x86_x32(-)?,abi_mips_n32(-)?,abi_mips_n64(-)?,abi_mips_o32(-)?,abi_riscv_lp64d(-)?,abi_riscv_lp64(-)?,abi_s390_32(-)?,abi_s390_64(-)?])`

Образовалось кольцо из которого нет выхода.
mesa  я удалить не могу, так как на него завязано буквально всё окружение. Но и обновить не могу систему.

    # cl-update -v
Синхронизация репозиториев
 * Проверка текущего сервера обновлений ...                                                                                                            [ ok ]
 * Проверка обновлений Distros ...                                                                                                                     [ ok ]
 * Проверка обновлений Calculate ...                                                                                                                   [ ok ]
 * Проверка обновлений Gentoo ...                                                                                                                      [ ok ]
 * Синхронизация завершена
Конфигурация системы
 * Сервер обновлений https://mirror.yandex.ru/calculate                                                                                                      
Обновление пакетов                                                                                                                                           
 * Вычисление зависимостей ...                                                                                                                               
 * Список пакетов для установки                                                                                                                              
 * Ebook management application (rR) app-text/calibre-4.11.2 (0 KiB)                                                                                         
 * WYSIWYG tool for designing and building graphical user interfaces with QtWidgets (U) dev-qt/designer-5.14.1 (0 KiB)                                       
 * Модули QML и Quick для фреймворка Qt5 (U) dev-qt/qtdeclarative-5.14.1-r1 (0 KiB)                                                                          
 * Set of QML types for adding visual effects to user interfaces (U) dev-qt/qtgraphicaleffects-5.14.1 (0 KiB)                                                
 * Модуль графического интерфейса и плагины платформы для фреймворка Qt5 (U) dev-qt/qtgui-5.14.1-r3 (0 KiB)                                                  
 * Qt5 module for integrating online documentation into applications (U) dev-qt/qthelp-5.14.1 (0 KiB)                                                        
 * Плагины, обеспечивающие поддержку ввода и вывода дополнительных форматов изображений для фреймворка Qt (U) dev-qt/qtimageformats-5.14.1 (0 KiB)           
 * Multimedia (audio, video, radio, camera) library for the Qt5 framework (U) dev-qt/qtmultimedia-5.14.1 (0 KiB)                                             
 * Библиотека поддержки OpenGL для фреймворка Qt5 (нерекомендуемая) (U) dev-qt/qtopengl-5.14.1 (0 KiB)                                                       
 * Библиотека фреймворка Qt5 для определения физического расположения (U) dev-qt/qtpositioning-5.14.1 (0 KiB)                                                
 * Библиотека печати для фреймворка Qt5 (U) dev-qt/qtprintsupport-5.14.1 (0 KiB)                                                                             
 * Set of Qt Quick controls to create complete user interfaces (deprecated) (U) dev-qt/qtquickcontrols-5.14.1 (0 KiB)                                        
 * Set of next generation Qt Quick controls for the Qt5 framework (U) dev-qt/qtquickcontrols2-5.14.1 (0 KiB)                                                 
 * Скриптовая библиотека приложений на фреймворке Qt5 (устарела и не рекомендуется) (U) dev-qt/qtscript-5.14.1 (0 KiB)                                       
 * Библиотека SVG-графики для фреймворка Qt5 (U) dev-qt/qtsvg-5.14.1 (0 KiB)                                                                                 
 * Customizable input framework and virtual keyboard for Qt (U) dev-qt/qtvirtualkeyboard-5.14.1 (0 KiB)                                                      
 * Wayland platform plugin for Qt (U) dev-qt/qtwayland-5.14.1-r2 (0 KiB)
 * Qt5 module for integrating C++ and QML applications with HTML/JavaScript clients (U) dev-qt/qtwebchannel-5.14.1 (0 KiB)
 * Library for rendering dynamic web content in Qt5 C++ and QML applications (U) dev-qt/qtwebengine-5.14.1 (0 KiB)
 * Библиотека WebKit-рендеринга для фреймворка Qt5 (устарела и не рекомендуется) (rR) dev-qt/qtwebkit-5.212.0_pre20190629 (0 KiB)
 * Set of components for creating classic desktop-style UIs for the Qt5 framework (U) dev-qt/qtwidgets-5.14.1 (0 KiB)
 * Специальная библиотека поддержки Linux/X11 для фреймворка Qt5 (U) dev-qt/qtx11extras-5.14.1 (0 KiB)
 * XPath, XQuery, XSLT, and XML Schema validation library for the Qt5 framework (U) dev-qt/qtxmlpatterns-5.14.1 (0 KiB)
 * Assistant to import PIM data from other applications into Akonadi (U) kde-apps/akonadi-import-wizard-19.12.3 (0 KiB)
 * Архиватор, интегрированный в среду KDE (U) kde-apps/ark-19.12.3 (0 KiB)
 * Calendar support library (U) kde-apps/calendarsupport-19.12.3 (0 KiB)
 * Удобный в использовании менеджер файлов для рабочего стола Plasma (U) kde-apps/dolphin-19.12.3 (0 KiB)
 * Calendar viewer for KDE PIM (U) kde-apps/eventviews-19.12.3 (0 KiB)
 * Image viewer by KDE (U) kde-apps/gwenview-19.12.3 (0 KiB)
 * Incidence editor for korganizer (U) kde-apps/incidenceeditor-19.12.3 (0 KiB)
 * Address book application based on KDE Frameworks (U) kde-apps/kaddressbook-19.12.3 (0 KiB)
 * Application to manage alarms and other timer based alerts for the desktop (U) kde-apps/kalarm-19.12.3 (0 KiB)
 * Plasma integration for gphoto2 cameras (U) kde-apps/kamera-19.12.3 (0 KiB)
 * Program that lets you back up any directories or files (U) kde-apps/kbackup-19.12.3 (0 KiB)
 * Frontend for Cachegrind by KDE (U) kde-apps/kcachegrind-19.12.3 (0 KiB)
 * Калькулятор для использования в среде KDE (U) kde-apps/kcalc-19.12.3 (0 KiB)
 * Планировщик заданий для KDE (U) kde-apps/kcron-19.12.3 (0 KiB)
 * Plugins for KDE Personal Information Management Suite (U) kde-apps/kdepim-addons-19.12.3 (0 KiB)
 * Libraries for KDE PIM applications (U) kde-apps/kdepim-apps-libs-19.12.3 (0 KiB)
 * Advanced download manager by KDE (U) kde-apps/kget-19.12.3 (0 KiB)
 * Application to read documentation for KDE Plasma, Applications, Utilities (U) kde-apps/khelpcenter-19.12.3 (0 KiB)
 * Certificate manager and GUI for OpenPGP and CMS cryptography (U) kde-apps/kleopatra-19.12.3 (0 KiB)
 * Пасьянс "Маджонг" для одного или двух игроков (U) kde-apps/kmahjongg-19.12.3 (0 KiB)
 * Email client, supporting POP3 and IMAP mailboxes. (U) kde-apps/kmail-19.12.3 (0 KiB)
 * Volume control gui based on KDE Frameworks (U) kde-apps/kmix-19.12.3 (0 KiB)
 * KDE's terminal emulator (U) kde-apps/konsole-19.12.3 (0 KiB)
 * Container application to unify several major PIM applications within one (U) kde-apps/kontact-19.12.3 (0 KiB)
 * Organizational assistant, providing calendars and other similar functionality (U) kde-apps/korganizer-19.12.3 (0 KiB)
 * Клиент удалённого доступа к рабочему столу (по протоколам RDP и VNC) (U) kde-apps/krdc-19.12.3 (0 KiB)
 * VNC-compatible server to share Plasma desktops (U) kde-apps/krfb-19.12.3 (0 KiB)
 * Simple text editor based on KDE Frameworks (U) kde-apps/kwrite-19.12.3 (0 KiB)
 * Common PIM libraries (U) kde-apps/libksieve-19.12.3 (0 KiB)
 * Common mail library (U) kde-apps/mailcommon-19.12.3 (0 KiB)
 * Libraries for messaging functions (U) kde-apps/messagelib-19.12.3 (0 KiB)
 * Universal document viewer based on KDE Frameworks (U) kde-apps/okular-19.12.3-r1 (0 KiB)
 * Assistant to backup and archive PIM data and configuration (U) kde-apps/pim-data-exporter-19.12.3 (0 KiB)
 * Plasma Telepathy client (U) kde-apps/plasma-telepathy-meta-19.12.3 (0 KiB)
 * Менеджер принтеров и задач печати на рабочем столе Plasma (U) kde-apps/print-manager-19.12.3 (0 KiB)
 * Утилита для снятия скриншотов (U) kde-apps/spectacle-19.12.3 (0 KiB)
 * Генератор миниатюр файлов форматов PDF/PS и RAW (U) kde-apps/thumbnailers-19.12.3 (0 KiB)
 * Framework for integrating Qt applications with KDE Plasma workspaces (rR) kde-frameworks/frameworkintegration-5.67.0 (0 KiB)
 * Framework providing integration of QML and KDE work spaces (rR) kde-frameworks/kdeclarative-5.67.0 (0 KiB)
 * Lightweight user interface framework for mobile and convergent applications (rR) kde-frameworks/kirigami-5.67.1-r1 (0 KiB)
 * Framework providing additional widgets for item models (rR) kde-frameworks/kitemviews-5.67.0 (0 KiB)
 * Набор высокоуровневых виджетов для выполнения базовых задач (rR) kde-frameworks/kwidgetsaddons-5.67.0 (0 KiB)
 * Фреймворк рабочего стола Plasma (rR) kde-frameworks/plasma-5.67.0-r2 (0 KiB)
 * Style for QtQuickControls 2 that uses QWidget's QStyle for painting (rR) kde-frameworks/qqc2-desktop-style-5.67.1 (0 KiB)
 * Elegant dock, based on KDE Frameworks (rR) kde-misc/latte-dock-0.9.9 (0 KiB)
 * Стиль оформления рабочего стола Plasma Breeze (rR) kde-plasma/breeze-5.17.5 (0 KiB)
 * Flexible, composited Window Manager for windowing systems on Linux (rR) kde-plasma/kwin-5.17.5 (0 KiB)
 * Qt Platform Theme integration plugins for the Plasma workspaces (rR) kde-plasma/plasma-integration-5.17.5-r1 (0 KiB)
 * Рабочий стол KDE Plasma (rR) kde-plasma/plasma-workspace-5.17.5-r1 (0 KiB)
 * Графическая библиотека для Linux, подобная OpenGL (rR) media-libs/mesa-19.3.5 (0 KiB)
 * Полнофункциональный пакет, содержащий утилиты записи, конвертирования и потокового вещания аудио и видео; включает библиотеку libavcodec (U) media-video/ffmpeg-4.2.2 (0 KiB)
 * Отличный графический фронтенд для Mplayer, написанный на Qt (rR) media-video/smplayer-19.10.2 (0 KiB)
 * Cross-platform web browser using QtWebEngine (rR) www-client/falkon-3.1.0-r1 (0 KiB)
 * X-серверы X.Org (rR) x11-base/xorg-server-1.20.7 (0 KiB)
 * API для ускорения видео (VA) на Linux (N) x11-libs/libva-2.5.0-r1 (0 KiB)
 * 78 пакетов будет установлено, 0 KiB будет загружено

Вы хотите установить эти пакеты? (Yes/No): y
Вы хотите установить эти пакеты? (Yes/No): y
 * (1 из 78) API для ускорения видео (VA) на Linux
 * Сборка x11-libs/libva-2.5.0-r1 ...                                                                                                                  [ ok ]
checking for glXCreateContext in -lGL... no
configure: error: VA/GLX explicitly enabled, but libGL couldn't be found

!!! Please attach the following file when seeking support:
!!! /var/calculate/tmp/portage/x11-libs/libva-2.5.0-r1/work/libva-2.5.0-abi_x86_32.x86/config.log
 * ERROR: x11-libs/libva-2.5.0-r1::gentoo failed (configure phase):
 *   econf failed
 * 
 * Call stack:
 *               ebuild.sh, line  125:  Called src_configure
 *             environment, line 1703:  Called multilib-minimal_src_configure
 *             environment, line 1103:  Called multilib_foreach_abi 'multilib-minimal_abi_src_configure'
 *             environment, line 1330:  Called multibuild_foreach_variant '_multilib_multibuild_wrapper' 'multilib-minimal_abi_src_configure'
 *             environment, line 1033:  Called _multibuild_run '_multilib_multibuild_wrapper' 'multilib-minimal_abi_src_configure'
 *             environment, line 1031:  Called _multilib_multibuild_wrapper 'multilib-minimal_abi_src_configure'
 *             environment, line  380:  Called multilib-minimal_abi_src_configure
 *             environment, line 1097:  Called multilib_src_configure
 *             environment, line 1551:  Called econf '--with-drivers-path=/usr/lib/va/drivers' '--enable-glx' '--enable-x11' '--disable-wayland' '--enable-drm'
 *        phase-helpers.sh, line  681:  Called __helpers_die 'econf failed'
 *   isolated-functions.sh, line  112:  Called die
 * The specific snippet of code:
 *              die "$@"
 * 
 * If you need support, post the output of `emerge --info '=x11-libs/libva-2.5.0-r1::gentoo'`,
 * the complete build log and the output of `emerge -pqv '=x11-libs/libva-2.5.0-r1::gentoo'`.
 * The complete build log is located at '/var/calculate/tmp/portage/x11-libs/libva-2.5.0-r1/temp/build.log'.
 * The ebuild environment file is located at '/var/calculate/tmp/portage/x11-libs/libva-2.5.0-r1/temp/environment'.
 * Working directory: '/var/calculate/tmp/portage/x11-libs/libva-2.5.0-r1/work/libva-2.5.0-abi_x86_32.x86'
 * S: '/var/calculate/tmp/portage/x11-libs/libva-2.5.0-r1/work/libva-2.5.0'

 * Не удалось собрать x11-libs/libva-2.5.0-r1::gentoo
 * Не удалось обновить

Вот, что в build.log пакета libva
configure: error: VA/GLX explicitly enabled, but libGL couldn’t be found

Попробуй в package.use установить use флаг libglvnd на следующие пакеты:
x11-drivers/nvidia-drivers acpi -compat static-libs libglvnd
x11-base/xorg-server libglvnd
media-libs/mesa libglvnd
У меня после этого обновилось.
PS: если не будет обновляться, попробуй отдельно пересобрать вышеуказанные пакеты с флагами через emerge

После последнего обновления сегодня всё встало на свои места. Всё заработало. До этого ничего не помогало. Спасибо всем!