На данный момент в Calculate Linux есть две команды для обновления дистрибутива до актуального состояния. Это собственно команда cl-update - которая очень удобна тем, что работает автоматически и по этому нет нужды обновляться вручную и команда *emerge uDNa world* которая имеет более расширенный функционал для обновления вручную.
Лично мне нравится cl-update - так как вместе с обновлением, вычислением зависимостей и обновлением базы данных пакетов, эта программа автоматически ещё обновляет библиотеки для связанных с обновлением модулей ядра (например Virtualbox). Очень удобно, честно говоря. Но, есть у этой команды и существенный минус, если что-то надо изменить (обновить конфигурационные файлы, package.use) или ещё что-то команда просто не срабатывает и выглядит это так, как будто обновлений вообще нет.
Если такое происходит, я обычно запускаю *emerge uDNa world* смотрю, что она пишет и делаю соответствующие изменения. Обычно - это добавление в package.use каких-то строк для разрешения зависимостей и dispatch-conf после этого.