После того, как я вручную собрал ядро через cl-kernel, из загрузчика отвалился виндовый раздел, на котором стоит Windows 7. Лечится это просто, достаточно лишь воспользоваться
grub-mkconfig -o /boot/grub/grub.cfg
но поскольку раньше cl-kernel детектил операционные системы нормально и все прописывал в загрузчик, то полагаю, что это баг. Исправьте, пожалуйста.