Сохранение информации cl-image squash

Прошу пояснить должны ли сохраняться все изменения произведенные в chroot среде, т.к. у меня при перезаписи образа на флешке добавленный в сборку пакет появился в перезаписаном образе, НО например установленное разрешение экрана и темы входа в систему при загрузке с измененного образа остались прежними. Собственно так и должно быть? или должны сохраняться ВСЕ изменения произведенные в chroot среде.