Что творится с репозиторием?

Система собирается из исходников. Сборка Mate.
Viber не обновляется, жалуется на несовпадение размеров файла и записи в репозитории.
ublock выдает оошибку скачивания 404.
Thunderbird требует clang 8, хотя только обновился до 7.1.
Версии containerd и runc конфликтуют с docker.
С открытыми драйверами Nvidia на одной из машин на втором экране нет рабочего стола. Выводится часть загрузки (dmesg), но мышка двигается. nvidia quadro.
При переключении в консоль и обратно в иксы с вероятностью 50% иксы виснут.

С репозиторием как раз всё хорошо. Проблемы начались с его отключением )
Бинарные обновления могут быть недоступны если вы не используете cl-update (eix-sync вызывает cl-update) или если были изменены USE-флаги/маски в /etc/portage/.

Исправлено.

Исправлено.

В зависимостях Thunderbird нет указания на конкретную версию clang.

containerd и runc в портежах стабильны версии несовместимые с версией docker. Исправлено.

Попробуйте проприетарный видеодрайвер.