Вопрос к знатокам chroot
Всю голову сломал.
Нужно НЕ ЗАХОДЯ в chroot выполнить в нем команду.
например НЕ заходим в chroot /mnt/distr
а выполняем команду например так из основной системы
shopt -s extglob && rm -r /var/db/repos/!(@(calculate|distros)) && emaint sync -r linuxbuh && cl-update chroot /mnt/distr