удалил малую часть /var
А что удалил/что осталось?
Если удалил /var/run - нестрашно.
Это всего-лишь симлинк на /run который в свою очередь в tmpfs
Просто если нет /var/run - выполнить команду ln -s /run /var
и можно перезагружать (выключение может тупануть, а загрузка пройдет без проблем)
Если что-либо еще удалилось - то уже надо разбираться
Самое неприятное если удалилась часть(или полностью) /var/dbp/pkg
Можно попробовать обновить мир не обновляя портежей (это если в /var/lib/portage ниче не удалилось)
Тогда /var/db/pkg пересоздастся (но обновление будет много материться на пакеты которые установлены, но запись о них удалена)
Остальное Гораздо менее критично, и восстанавливается относительно просто (в зависимости от того что удалилось)