Релиз был выпущен давно и система сильно устарела, поэтому вызов cl-update заканчивается с ошибкой. Чтобы обновить, выполните:
cl-update --sync-only
emerge -1O python:3.9
emerge -1O glibc
emerge -1O portage
cl-update
После этого можно выполнить emerge shotcut.
P.S. Предпочтительней загружать свежую ночную сборку для установки. По сути это релиз со всеми обновлениями.