Не сохраняюстся настройки

При загрузке в калкулейт сбрасываются настройки приложений, например hexchat - изменил ник, настройки сервера и каналы, а при следующей загрузке - все сбрасывается на дефолт - фамилия_ио.

При входе в сеанс CL с заранее настроенным профилем создаётся файл ~/.calculate/ini.env и прописывается

[main]
update = on

После этого настройки уже не меняются.

Если профиль создавался утилитами, то для каждого приложения прописывается отметка о том что оно настроено и для какой версии. Для того, чтобы выполнять исправления по необходимости и не сбрасывать настройки.
Посмотрите содержимое вашего файла.