Странные проблемы после обновления

У меня стоит Calculate Linux Desktop KDE, ядро 3.5.3. Обновляю мир стандартным способом:

emerge -uDnav world
emerge --depclean
revdep-rebuild

Из того что я заметил: почему-то каждый раз после обновления стираются все изменения в файле “/etc/hosts”, а также постоянно сбрасываются права доступа для домашней папки моего пользователя. Вполне вероятно, что какие-то еще файлы сбрасываются в исходное состояние.

Но самое неприятное, что обновление проделывает какие-то непонятные манипуляции с загрузчиком grub и с ядром (хотя у меня специально замаскированы все возможные варианты исходников ядра в “/etc/portage/package.mask/custom”). Из-за этого после предыдущего обновления пришлось вручную править конфиг grub’a, чтобы загрузиться, а последний раз вообще пришлось пересобирать ядро, загрузившись с загрузочной флэшки, т.к. система при загрузке стала выдавать ошибку “kernel panic”.

Вопрос - что еще за самодеятельностью занимается инструмент обновления? Почему он затирает файлы с моими изменениями, права, что-то делает с ядром, хотя я ожидаю от него только обновления пакетов?

Для собственных конфигов, чтобы они не переписывались будет простейшим выходом сделать clt-шаблоны, в которых будут ваши конфиги. Почитайте тему