А вот не идут у меня обновления через cl-update.
eix-sync также не обновляет портежи.
Только emerge --sync или emerge-webrsync
А ошибки-то хоть какие?
Никаких ошибок, по-крайней мере в консоли.
“Система в актуальном состоянии”.
Судя по всему, кальковские штуки выпилились не до конца. Откуда у вас cl-update, вы же удалили всё кальковское и получили генту.