Шутка с долей шутки - в процессе пересборки питоновского измерения с новым питоном обновление отвалилось успев пересобрать portage, но не дойдя до calculate-utils.
Момент для переустановки с нуля не самый удобный.
grep не помог - в упор не вижу ничего похожего на конфиг модуля calculate в portage (искал в оверлее calculate/profiles).