Просто так не выйдет.
В ядре кальки aufs нет, так как оно основано на ванильном ядре gentoo.
Надо накладывать патчи самостоятельно с сайта https://dev.gentoo.org/~mpagano/genpatches/
Или попробовать использовать ветку ядра gentoo - sys-kernel/aufs-sources , но что будет с калькой не знаю.
Ядро sys-kernel/aufs-sources собирается нормально, но команда emerge @modile-rebuild уже не может собрать модули ядра для Nvidia и broadcom.
Дальше не проверял, времени нет.
Поэтому пользуюсь старым способом persistence-mode или создаем LiveCD/LiveUSB с возможностью сохранения /home раздела и настроек пользователя