Вы стали ставить пакеты из Gnome 3, он не встал (потому что ему нужен systemd, который конфликтует с eudev), но emerge попытался разрешить зависимости, добавив systemd в package.use для некоторых пакетов.
Я подставлял ваш world вместо своего, - система обновляется. Почистите свой package.use и обновление должно заработать.