Тоже столкнулся с этой проблемой.
Попробуйте выполнить cl-update --sync-only ON --update-other ON
Обновляет кэш eix, если он устарел (поведение по умолчанию).
-o [ON/OFF], --update-other [ON/OFF]
Выполняет обновление сторонних оверлеев (не являющихся репозиториями дистрибутива). По умолчанию выключено. Для того, чтобы изменить действие по умолчанию, надо изменить значение переменной cl_update_other_set секции update; для этого можно выполнить следующую команду: cl-core-variables --set update.cl_update_other_set=on