Вопрос по обновлению системы и depclean

Хочу понять логику очистки зависимостей после обновления системы.
Есть свежая установка Calculate, прикладной (не системный) софт устанавливаю с oneshot, как и рекомендуется. Ну вот например Liferea:

  • установил, по зависимостям доставилась webkit-gtk,
  • добавил Liferea в @custom, чтобы это было где-то зафиксировано,
  • потом по cron запустилось обновление системы.

Ну обновил калькулейтовский updater пару пакетов и предлагает очистить систему от ненужных: удалить порядка 50ти, в том числе “ненужную” cmake (и прочее в том же роде), и за одно “ненужную” webkit-gtk. ?? Liferea записана в сете custom - оставляем, а библиотеку от которой она напрямую зависит значит можно снести? Не понимаю, как тогда вообще происходит расчет зависимостей пакетов, выходит учитывается толькоworld? Зачем же все нужны все эти кастомные сеты?
Прошу сильно не пинать, пришел с rpm-based и пока не понимаю логики. Форум читал, в гугле гуглил, но ответа не нашел.