Все файлы /etc/portage/package.*/custom были переименованы в zz-autounmask и появился custom.cds (ну или cld, в зависимости от типа установки).
Собственно вопрос в заголовке.
Кто это делает и зачем это нужно?
Да и наименование zz-autounmask в package.use как-то нелогично.