Да. после установки утилит 3.1.3_alpha1 начало спрашивать перед апдейтом, вот например не знаю зачем система пыталась переписать файл /etc/X11/xorg.conf.d/keyboard.conf снова но теперь это не вышло, я вручную отмержил:
Но вообще то я не жалуюсь, а наоборот хотел сказать спасибо что наконец то это заработало как положено. При изменении файла предложило помержить, что я с удовльствием и сделал.