Значит разметка флешки неверная. Я для экспериментов использую сей девайс: http://www.zalman.com/global/product/Product_Read.php?Idx=674 который логически мало чем от флешки отличается. Проблем не испытывал.
Хотелось обойтись той 16 гиговой флешкой, которая у меня уже есть. Возможно со временем приобрету нечто похожее на Ваш девайс. А что может быть не так с разметкой флешки? И да, для экспериментов с cl-builder стандартная утилита dd (которой всегда пользовался) не подошла, ибо она до такой степени уродует флешку, что даже посмотреть что туда записано не представляется возможным.
Что не так? Ну это fdisk -l /dev/sd?1 покажет. Лучше вручную разбивать диск перед установкой calculate на него. Отдать все 16Гб под root раздел. Swap можно через loop в файле сделать на 20-гиговом. Хотя я наверное прям на этот раздел и поставил бы систему. 