Только что обнвлял систему через cl-update, и в конце предложило удалить:
Очистка системы от ненужных пакетов
- Вычисление зависимостей …
- Список удаляемых пакетов
- (Deprecated) SSL support for Net::SMTP dev-perl/Net-SMTP-SSL-1.40.0
- Утилиты, необходимые для сборки ПО sys-devel/binutils-2.30-r4
Вы хотите удалить неиспользуемые пакеты (рекомендуется)? (Yes/No): no
Я так понимаю, без binutils потом и не все обновления смогут установиться.
Может быть стоит на пакет защиту поставить?